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バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。
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#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)理研ECLから荻沼政之先生をゲストにお呼びしました。遺伝研/相賀研究室でのPhD生活から、フランスからアメリカにわたったポスドクでのpH/解糖系の勾配プロジェクト、ご帰国後のキリフィッシュ研究を含めた将来の展望などについてお聞きしました。(収録日2025.8.25)荻沼先生ラボHP(理研)荻沼先生ラボHP相賀裕美子教授荻沼先生の相賀研での論文Olivier Pourquié研究室荻沼先生の解糖系論文荻沼先生のpH論文ヘビの体節の論文キリフィッシュの論文(1, 2)大阪大学微生物病研究所 生体統御分野 石谷研究室pH応答生物学の確立
ヘルシンキ大学の研究所HiLIFEのNeuroscience Centerから難波隆志さんをゲストにお呼びしました。神経幹細胞研究の黎明期の様子から、ヒトらしい脳を作る仕組みや大人での神経新生など、さらにヨーロッパ/フィンランドでの研究事情などについてお伺いしました。(収録日2025.07.11)難波さんラボHPHiLIFE (Helsinki Institute of Life Science)松野健治先生石龍徳先生アストロサイトからニューロンができるRadial Gliaからニューロンができる(宮田先生のグループ, 玉巻先生のグループ, Noctor and Kriegstein)JessbergerがやっているNeurogenesisの可視化アストロサイト的な細胞からニューロンが生まれている(難波さんの論文)スライスcultureで神経新生が起きるか(難波さんの論文)タイムラプスで神経幹細胞の挙動を見る(難波さんの論文)2019年の難波さんの論文塩田清二先生中嶋先生高坂新一先生貝淵研究室榎本篤先生CaMKの論文PAR3の論文パイオニア軸索との相互作用の論文Wieland Huttner labSimone Fietz et al (Wieland Huttner group)HansenとKriegsteinの論文ARHGAP11Bの最初の論文(Marta Florio et al)難波さんのARHGAP11B論文Christos Chinopoulos 戸田さんゲスト回Jacqueline TablerLei XingLei Xingとの論文2018年のArturoの論文成体神経新生はあると主張する論文(の一例)Federico CalegariPierre Vanderhaeghen Lab岩田さん畠山さん
北海道大学遺伝子病制御研究所准教授の岡崎朋彦先生をゲストにお呼びしました。学生から助教まで14年過ごした後藤由季子研究室での研究生活、15年越しのプロジェクトであるトポロジー反転による細胞質カルボキシル化、北大でのPI生活とこれからの展望などについてお話しました。(収録日2025.06.05)Shownotes:岡崎朋彦研究室(北海道大学遺伝子病制御研究所分子細胞生物研究室)岡崎さんのカルボキシル化の論文バイステポッドキャスト古舘さん回(パート1, パート2) *言及を忘れていましたが、岡崎さんと古舘さんは学部からの同期です。馬渕先生後藤由季子研究室岡崎さんのASKの論文一條秀憲先生ASKがMAPKKK一條研のASK1と2の使い分けの論文Azad Bonni谷口維紹先生河岡義裕先生ペルオキシソームの論文NUDT21の論文MAVS同定の論文(の一つ) 吉種光先生TM4SF20のTopology論文Jonathan KipnisKipnisの論文北海道大学遺伝子病制御研究所村上正晃先生
ジョンズホプキンス大学から古川夏輝さんをゲストにお迎えしました。がん細胞を選択的に細胞死させるペプチドの発見とその改良、またそのペプチドによるアメリカでの起業などについてお聞きしました。(収録日2025.05.5)Shownotes:坪山さん回本田さん回同期ゲスト(井上さん回、小坂元さん回)UJA二本垣さんOSUとミシガン大学古川さんの論文古川さん所属ラボ(Aleksander S. Popel lab)アメリカンナイトGOLD
UCSFのDavid Julius(TRPチャネルで2021年ノーベル賞)ラボでポスドクをされている東原幸起さんをゲストにお呼びしました。博士課程を過ごしたRoderick MacKinnon(Kチャネルで2003年ノーベル賞)ラボでの様子を含め、ノーベル賞受賞者のメンタリングスタイルやチャネル研究のトレンド、最近Publishされた東原さんの論文を含めた東原さんのご研究についてお伺いしました。(収録日2025.04.22)東原さんResearch map萩原さん(NeuroRadio)濡木研究室伏信研究室David Gadsby先生 Hodgkin-Huxley論文Roderick MacKinnonラボDavidとYifanによるTRPチャネルの構造Thomas Walz東原さんの論文１東原さんの論文２ 共著の構造の論文David JuliusラボYulong LiラボArdem Patapoutian Lab東原さんの論文
名古屋大学教授の松本有樹修先生をゲストにお呼びして、翻訳されるノンコーディングRNA、リボソームの多様性、中山敬一ラボでのPhD生活、ハーバード大学Pandolfi研での留学、これからの研究の展望などについてお話をお聞きしました。(収録日2025.03.11)Shownotes:松本先生ラボHP中山敬一先生中山研での松本先生の論文(p57 1, 2: Fbx7 1, 2)Howard Chang HOTAIRの論文John RinnPier Paolo Pandolfi松本先生のSPARの論文JmjC domainDark Proteomeと呼ばれているUpstream ORFが翻訳されると下流の翻訳が抑制される(の例)翻訳されている位置をより正確に検出する手法PhyloCSF翻訳されるノンコーディングRNAの論文(TINCR, KastorとPolluks)鍋島陽一先生Klotho遺伝子C末端の疎水性と分解元根さんのナノポアの論文アストラル(質量分析器)吉種先生心筋リボソームの論文胸腺プロテアソーム(Thym-Proteasome)精巣特異的リボソームMaria Barna先生のリボソーム多様性の論文
David Baker(2024年タンパク質デザインでノーベル化学賞)ラボでポスドクをされています本田信吾さんをゲストにお呼びしました。本田さんはアサヒビールを経て東大野地研で学位を取られ、その後現在のBakerラボに所属されています。今回は本田さんのこれまでのキャリアからタンパク質デザインの現在、本田さんの現在の研究などについてお聞きしました。さらにBakerラボの雰囲気やシアトルの生活の様子など研究以外のトピックも盛りだくさんでお届けします。(収録日2025.01.18)
Shownotes:
野地研
本田さんの野地研での論文
デジタルバイオアッセイ
David R. Walt
Simoa (Degital ELISA)
Alkaline Phosphataseのheterogeneousな画分を検出して診断に応用
David Bakerラボ
プローブのデザイン
古賀先生
David Agard
Top7
古賀先生のデザイン原則
NAISTの小林先生
VILYA
RoseTTAFold (Minkyung Baek et al.)
RFdiffusion
RoseTTAFold All-Atom
AlphaFold 3
Boltz-1
Deepmindがenzymologistを募集している
Serine hydrolasesのde novoデザイン
Florian Praetorius
Danny D. SahtoeとFlorianの論文
DynamicなHingeのデザイン
Adam Broermanの論文
AlphaProteo
BindCraft
Kejia Wuが設計していた
De novoデザインタンパク質で作られたCOVID-19ワクチン
分子デザインはじめました
今回はワシントン大学セントルイスで2025年から研究室を主宰されている牛木亜紀さんをゲストにお迎えしました。牛木さんは筑波大学・谷本研究室で学位をとられたのち、UCSFのNadav Ahituv先生の研究室でエンハンサーと疾患のかかわりで重要な成果を出されております。今回はこれまでの研究の背景やジョブハント事情、これからの牛木ラボの方向性などについてお聞きししました。(収録日2024.12.29)
牛木ラボHP
筑波大 谷本研究室
レニンの論文(1, 2)
進化しすぎた脳
生物と無生物のあいだ
ミトコンドリア・ミステリー
Nadav Ahituvラボ
牛木さんの無手足性の論文
牛木さんの側弯症の論文
井上詞貴先生
ヘビのCell
Len Pennacchio, Axel Visel
UC BerkeleyのComparative Biochemistryで博士課程をはじめられた小野隆一さんをゲストにお呼びして、海外博士課程事情から最新のCRISPRや腸内細菌叢ゲノム編集などについてお話ししました。さらに豪華共同ホストとしてペンシルバニア大学博士課程の山田さんにご参加いただきました。(収録日2024.10.20)
Shownote:
小野さんX(Twitter)
程久美子先生ラボ
程先生のmiRNA解説記事(2024.10.31まで無料公開)
Brady Cress先生ラボHP
Bredy先生のNature Microbiology論文
Bredy先生ラボの最近の論文
SVAP
Peter J. Turnbaugh先生ラボHP
XPLANE
Sam Sternberg先生の講義動画
CASTを見つけたPNAS論文
Defence island
Anti-defence island(の例)
Eugene V. Koonin先生ラボHP
Jillian(Jill) Banfield先生ラボHP
BORGの論文
Jennifer Doudna先生ラボHP
Cas13の祖先の論文
Doudna研からのデリバリーの論文
Open CRISPR
東京大学医科学研究所教授の稲田利文先生をゲストにお呼びしました。博士課程の時分の大腸菌を用いた遺伝子機能ハンティングの研究から留学話に続いて現在の研究につながる翻訳異常に対するmRNAやタンパク質の品質管理機構などについてお聞きしました。(収録日2024.07.03)
稲田研究室HP
中村義一先生
稲田先生の博士論文
饗場弘二先生
留学中の論文(1, 2)
Roy Parkerの論文
EMBO 2005の論文
RQCについてのレビュー(日本語) (1, 2)
ドイツで研究室を主宰されています戸田智久さんをゲストにお呼びしました。東大川崎研でのエピソードから、サンディエゴのFred Gageラボでの留学話、最近の戸田ラボでの研究からさらなる展開まで一連の神経科学研究についてお聞きしました。研究に対するメンタリティなどについてもお聞きしました。(収録日2024.05.09)
戸田ラボHP
河崎ラボ(現金沢大学)HP
戸田さんの川崎ラボでの論文の一つ(の解説記事)
Larry Katz
Fred Gage lab
Gege labでの論文
Günter Blobel
超寿命RNAの論文
Gerd Kempermann
理化学研究所で研究室を主宰されている岩崎信太郎さんをゲストにお呼びしました。泊研でのエピソードから、バークレー(Ingoliaラボ)での留学話、最近の岩崎研での研究からさらなる展開まで一連の翻訳研究についてお聞きしました。また留学アドバイスなどもいただきました。ちなみにエピソード内で言及を忘れていましたが、岩崎さんと管理人は留学先の建物が同じであるとともにボスのボスが同じ(Dr. Jonathan Weissman)という点でも共通でした。(収録日2024.03.28)
岩崎ラボホームページ
泊ラボホームページ
Nick Ingolia lab
坪山さんの回
熊本大学発生医学研究所教授の石黒啓一郎さんをゲストにお呼びしました。坂野研時代のエピソードから、留学時のエピジェネ研究の黎明期の様子、さらに減数分裂のキー因子Meiosinの発見からさらなる展開までお聞きしました。さらに職業として学問を行う心構えについてもお聞きしました。(収録日2024.02.08)
石黒研究室
坂野先生
坂野研の時の論文
留学先での論文
Meiosinの論文
東大/生産研で今年度から研究室を主宰されています坪山幸太郎さんにお話をお伺いしました。オートファジー/RNAサイレンシング機構/HEROタンパク質群の研究から最近のタンパク質の安定性を決めるアミノ酸配列ルールの研究に至るまでどれも非常に感銘を受けました。研究をうまく進めるためのヒントも盛りだくさんだと思います。(収録日2023.08.03)
坪山研ホームページ
水島研 ホームページ
水島研での坪山さんの論文
泊研ホームページ
泊研での坪山さんの論文1 (HSP)
泊研での坪山さんの論文2 (HERO)
岩崎さん(ラボHP)
深谷さん(ラボHP)
Gabriel Rocklinラボ
David Barkerラボ
Rocklinラボでの坪山さんの論文
Rocklinさんの論文
NIHでPIをされている明楽隆志さんをゲストに、メンデルの法則に従わない利己的なDNAの遺伝 (Meiotic Drive) の研究について、またアメリカでの研究事情などについてお聞きしました。さらに最近の宇宙飛行士選抜で最終候補まで残られたということで宇宙飛行士選抜についてもお伺いしました。(収録日2023.07.07)
(*冒頭の紹介で抜けてしまいましたが聞き手として東大/平林研助教の壷井さんにもご参加いただきました。)
Shownotes:
明楽さんラボHP
明楽さん(ラボ)の論文
PhD 1報目
PhD 2報目 (日本語の解説)
ポスドク 1報目 (日本語の解説)
ポスドク 2報目
最近のBioRxiv
Michael LampsonラボHP
佐藤政充先生ラボHP
東大定量科学研究所(胡桃坂研究室)助教の鯨井智也をゲストにお呼びしました。鯨井さんはクロマチン構造分野で次々に新しい構造を決められており、特にRNAポリメラーゼ2とヌクレオソームを中心とした転写複合体の構造や、自然免疫にかかわるcGASとヌクレオソームの構造などでトップジャーナルにも多くの論文を出されています。今回クロマチン構造解析の歴史やこれまでの研究の裏話などをお聞きしました。(収録日2022.10.21)
Shownotes:
胡桃坂研究室
木村宏先生
Mintobody(例)
抗体の論文
①H3.Yの話
3.Y＝ヒストンバリアントH3.Y (最初説明も忘れた上に、3.1って言っている気がします、すいません。)
鯨井さんの論文 (NAR, 2016とNucleus, 2017)
ヌクレオソームの高分解度構造(1997)
H2A.Zを含むヌクレオソーム構造 (2001)
H3.Tの構造 (2010)
H3.Yは2010年に発見された
CENP-Aの構造
堀越さんがH2A.Z
有村さんがH2A.B
②Pol2の話
鯨井さんの論文(Science, 2018; Science, 2019; Science, 2022)
大川先生
細胞内でヌクレオソームは転写のバリアになっている(Steven Henikoffラボの論文)
関根先生
町田さん(の論文)
Grafix法
SMARCAD1-nucleosomeの構造
Cramerラボと競争になっていた
Seychelle M. Vos
③cGASの話
鯨井さんの論文(Science, 2020)
同時に出た4本の論文(1, 2, 3, 4)
船曳先生
CENP-N
Christian Zierhut (2019年にCellに論文出してる)
GFP-cGASでの局在解析
2019年のeLife
Nicolas Thoma
研究室の大先輩で現在はイギリスでポスドクをしている古舘昌平さんに出演していただきました。古舘さんは後藤研時代に成体神経幹細胞の起源を発見する金字塔を打ち立て、現在は脳の高次機能の謎に挑まれております。今回、後藤研時代の論文の表話裏話、キャリア選択のきっかけ、そして今後のビジョンなど古舘さんの熱い思いをお聞きしました。(収録日2022.09.10)
Shownotes:
Tom Mrsic-Flogel
Denis Jabaudon
Andreas Luthi
萩原さん
NeuroRadio
Fiona Doetsch
Piryaラボ、の仕事
原田さん(リンクは論文)
*注：古舘さんは2日酔いで、変なことを言っていたらそのせいだということです。
研究室の大先輩で現在はイギリスでポスドクをしている古舘昌平さんに出演していただきました。古舘さんは後藤研時代に成体神経幹細胞の起源を発見する金字塔を打ち立て、現在は脳の高次機能の謎に挑まれております。今回、後藤研時代の論文の表話裏話、キャリア選択のきっかけ、そして今後のビジョンなど古舘さんの熱い思いをお聞きしました。(収録日2022.09.10)
Shownotes:
後藤研：東京大学大学院薬学系研究科分子生物学教室
岡崎さん：北海道大学遺伝子病制御研究所・大学院生命科学院分子細胞生物研究室
平林さん：東京大学工学系研究科化学生命工学専攻 神経細胞生物学研究室
ニューロン分化期からグリア分化期とか：たとえば１．２
Aktとか：たとえば１
古舘さんの論文１
古舘さんの論文２
アストロサイトの論文
*注：古舘さんは2日酔いで、変なことを言っていたらそのせいだということです。
理研でポスドクをしている小坂元陽奈さんにタンパク質欠乏に対する栄養適応の驚きのメカニズムやその他いろいろについてお話しを聞きました。学部自体には考えられなかった組み合わせの学部～大学院同期3人での収録となりました。(収録日2022.08.13)
Shownote:
・遺伝(いでん)：東大薬遺伝学教室、三浦研究室
・分生(ぶんせい)：東大薬分子生物学教室、後藤研究室
・小幡さん
・ネクローシスの論文
・腸内細菌は小幡さんがイギリスでやってた
・栄養の論文
・どーはどー：DOHaD (Developmental Origins of Health and Disease)
・アルギニンセンサー、CASTOR
・SAMセンサー、SAMTOR
・ロイシンセンサー、Sestrin
・David M. SabatiniがunaffiliatedでNatureだしてた
東京工業大学で今年度から准教授として独立された野澤佳世さんに、これまでの研究生活(濡木研-Patrick Lab-胡桃坂研)や留学体験談、PIとしてのこれからのビジョンなどをお聞きしました。(収録日2022.06.12)
Shownote：
若林健之先生
濡木研究室
ピロリジルtRNA合成酵素の結晶構造解析
Cex1pの仕事
Patrick Cramer lab
Iwr1の仕事
野澤さんのNature
野澤さんの論文の3か月前のNature
R. コーンバーグ
アストリアス
鯨井さんのcGAS
クレメンス(Clemens Plaschka)
クレメンスのMediator-Pol2 complexの仕事
Marienplatz
胡桃坂研究室
オーバーラッピングダイヌクレオソーム
H3-H4 オクタソームのBioRxiv
築山先生
星野さん
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