NeuroRadio

韓国Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST)で来年2月に独立するJHUの長濱さん(@k_hammer_1001 )再登場回。前回登場時からのアップデート。 (9/11 収録)Show Notes (番組HP):連絡先:https://bsky.app/profile/k-hammer.bsky.social ; https://x.com/k_hammer_1001 ; email: knagahama1001@gmail.com長濱さんNR初回登場回井上（昌俊）さんJung Hoや井上（昌）さんとの日本神経科学会でのシンポジウムシーズンオフ、ホットシーズン：アメリカのjob marketは大体8月後半-9月から翌年2-3月がjob openingの盛んなシーズンはんべー（Hyungbae Kwon)アポスティーユ公証人¬ary: 1 や 2犯罪歴証明書Kanghoon JungSynapShot論文:Son, Nagahama et al., Nat. Methods 2024; Dimerization-dependent fluorescent protein (ddFP)とsynapse organizer (Nlgn1とNrxn1β)を用いることで、可逆性がある蛍光シグナルをベースにシナプスの構造学的な変動を追跡していくツール。 Chuljung KwakGuo, Svoboda et al. マウス行動プロトコル論文シャンデリアセル+テクスチャ―の論文iTango2の論文GRASP, mGRASP, eGRASPGFP reconstitution across synaptic partners (GRASP): Feinberg et al., Neuron 2008 https://www.cell.com/AJHG/fulltext/S0896-6273(07)01020-3mGRASP: Kim, J. et al, Nat. Methods 2012 (Jeffrey C. Magee lab)eGRASP: 明るくしてvivoへの応用※同様のシナプス形成の可視化ツールとして、Sudhof labからのSynView: Tsetsenis et al., J. Neurosci. 2014　(https://www.jneurosci.org/content/34/45/15083.short)があります（長濱）Split-GFP: beta-barrel structure of GFP (1-10 & 11th 16残基, 215-230 amino acids)とsynapse organizerを組み合わせて、シナプス形成を可視化するツール。論文：https://www.nature.com/articles/nmeth932dimerization-dependent fluorescent protein (ddFP): 二つのモノマー（copy A & copy B）がヘテロダイマーを形成することで、蛍光を発色するタンパク質。Robert Campbell研で開発。論文1 (ddRFP): Alford et al., Cell Chemical Biology 2012  論文2 (ddGFP & ddYFP): Alford et al., ACS Synthetic Biology 2012 Won Do Heo※SynapShotの論文上では、IBS (Institute for Basic Science)で独立している Sangkyu Lee もco-corresponding authorになっています（長濱）OptoTrkBの論文: SynapShot論文でもFig. 3のdual-colorのimagingで使用。Small GTPaseの論文（optogenetic manipulation toolではなく、ddFPベースのbiosensorでした（長濱））：https://www.nature.com/articles/s41467-018-08217-3KAIST (Korea Advanced Institute of Science and Technology)Tobias MeyerMeyer研からBDRで独立した方：調べたら小長谷 有美さんでした。井上（Takanori Inoue）さんかんふんのescape behaviorの論文じょんほーのセロトニンの論文牧野さんの回小川さん; NR登場回ジョブハントでお世話になった方々: UTSWの藤田（Hirofumi Fujita）さん ,　OHIO-State の二本垣（Yuta Nihongaki）さん, 3人目は当然Jung Ho Hyun Future PI Slackかりごうさん回Referenceをお願いした方々: Paul Worley 狩野方伸先生 かりごう (Tomomi Karigo) さん 上阪さんNelson SprustonMax Planck: Max Planck Florida Institute for Neuroscience（MPFI）H-1BやJ1: アメリカのビザの種類。ポスドクは概ねJ1（交流訪問者ビザ）で渡米し、5年満期に達したところでH-1B（非移民就労ビザ）にビザ変更を行う。みんひゃお（Minhyeok Chang） すしアカデミーは70万円かかる4つあるIST (Institute of Science and Technology): UNIST, KAISTの他に、DGIST, GIST基本的には、USと似た方式でjob openingがある: 各大学・研究所がシーズン毎にtenure-track assistant professorのpositionを募集する。Soul National University（ソウル大学）Yonsei UniversityKorea University酒に頼りがち、ボルチモアクラフトビールKajikenDaikaya新潟大学脳研のシンポ三國さん藤島さんERC (European Research Council) starting grantK: アメリカのキャリアグラントのひとつであるK99のことScienceのcommentary: We started our Ph.D.s during COVID-19. Now, we’re graduating into political chaosHigh BrainBong-Kiun KaangHee-Sup ShinEunjoon Kim IBS: Institute for Basic ScienceSebastien RoyerKIST (Korea Institute of Science and Technology) 韓国のGrant: National Research Foundation in Korea (NRF) がメイン。異なる時期にグラント締め切りあり。Korea Health Industry Development Institute (KHIDI) のようなAMEDに類似した団体もある。長濱ラボのバイオロジー:Biological commonalities across diverse psychiatric and neurological disordersSetd1aの論文Joshua A. GordonBipolar disorderとSchizophreniaがgeneticに似ている 1 2 3プレコックス感Nlgn3 KOマウスのケージメイトの行動異常論文長濱ラボ宣伝2026年2月から開設予定@Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST)Graduate School of Health Science and Technology (HST)大学院生は熱烈歓迎：https://admg-intl.unist.ac.kr/admissions/guidelines/2026 Spring 2nd 10/13/2025-10/22/20252026 Fall 4/6/2026-4/15/2026ポスドク：随時募集（予算次第ですが、興味がある方はお気軽にご連絡ください by長濱）Lab HPEditorial Notes:熱意のある大学院生・ポスドクの方々絶賛募集中です。ラボメンが皆それぞれにhappyでいられるような環境作りに向けて努力していく所存です。”日本に帰るつもりだったなら、医師免許使えよ”というツッコミは、自身に臨床医としての自覚が欠如しているため、お控えください（長濱）。韓国はインチョン空港にしか行ったことがないので、遊びに行くよい口実ができました(萩)独立おめでとうございます！日本が参考にすべきなのは、アメリカより欧州・アジアのやり方だとよく思うので、韓国アカデミアがどうやっているのかは非常に参考になりました。今後も色々伺うのが楽しみです！(脇)

１人雑談、１人宣伝、１人お便りフォーム回収回。 (8/15-18 収録)Show Notes (番組HP):お便りフォームボストンのティラミス屋カルマコーヒーファイバーフォトメトリ自作プロトコル 1 2iGluSnFR4 プレプリントAmo et al. 2024Warren Alpert Distinguished ScholarEditorial Notes:ギラデリの塩キャラメル割と好きなのでかりふぉーにゃの人はお土産に下さい。ダークヒーローといえばコードギアスのルルーシュなんですが、今の若い人は知らねーだろーなー。(萩)

定期ゲスト北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 回。直近に公開した自身のHisTrac-seqプレプリントと(と競合LagTagプレプリントの)解説回 (8/17 収録)Show Notes (番組HP):HiTrac-seqプレプリントLagTagプレプリント北沢ラボ Elowitz labDANDRITEYodai Takei et al. DNA FISH with Long Cai (Caltech)DNA Typewriter first author (Choi)Dam 元論文とかReviewとか 1 2 3 4Dam m6A は DNA replicationまで数時間は残る 1 2Jay SchendureやちえさんNozomu YachieDNA Typewriter (CRISPR)ENGRAM (Enhancer-driven genomic recording of transcriptional activity in multiplex)DCM-TM (DNA cytosine methyltranferase time machine)Vas ban SteenselJop Kindban Steensel & Kind DamID paperdTAG degronDam-Intein protein level translationPEST sequenceAndrea BrandDam protein level regulation with translation reinitiation in vivoVVF (AAV)Dam single cell paper (plate-based) 1 2 10x ATAC-seqsingle-cell CUT&Tag (10x platform) 1 2m6A-tracer live imagingnanoCT (nanobody single cell CUT&Tag) 1 2Gonçalo Castelo-Branco (Karolinska Institute)Plate scDamID (できる人が来た)DANDRITE SymposiumChao Sun (元Erin Schuman lab)Michael GreenbergAlex SchierFiona MullnerSadegh (Sadegh Nabavi)FMIはERC 75%!Thomas KimSeth BlackshawEditorial Notes:今年は帰国せず北欧の快適な夏を過ごしてしまいましたが、来年はNeuro (神戸?) 行こうと思っているのでよろしくお願いします！　(北沢)論文が出るから公開タイミングを合わせる、というのはやってきたけど、競合プレプリントが出たから急いで収録・公開というのは初パターン (萩)3年でこんなに進むもんなんですね…ってコメントしようとしたら、去年のエピソードの時点で「2年でこんなに進むもんなんですね」とびっくりしていた。来年はいくら進んでいても驚きません！(脇)

University of South Carolinaで独立した小川優樹さん(@YukiOgawaPhD)ゲスト回。AISに興味を持つようになるまでの過程、ポスドクを行ったBaylor Collegeでの研究、ジョブハント体験記、最新作Hide-and-seekに関するディスカッション、今後の展望について (2/22 収録)Show Notes (番組HP):小川さんラボHP岡野ジェイムス洋尚ラボ（再生医学研究室）Matthew Rasband lab星でやっていた薬物依存の研究岡野ジェイムス洋尚先生慶應の岡野栄之先生パーキンソン病患者の脳内に胎児からの幹細胞を打って改善？薬物依存における神経変性： 1 2岡野ジェイムス洋尚先生が昔からやっていた研究の例院でやっていたHuCの研究 (院での研究その1, KIFの内容は論文に出してました by 小)Robert Darnell labHITS-CLIPKIFレビューAnkyrin Gがなくなると軸索がなくなる (より正確には、「軸索が樹状突起っぽくなる」でした by 小)Neuronの突起はデフォルトが樹状突起になっているようで、軸索へのspecificationにAnkyrinGが関わっています by 小小脳だとHuCが多いのtable2胎児期と大人で変わってくる (院での研究その2)軸索にはDNAがないミトコンドリアが集積する、のプレプリントAxon carrying dendriteの報告論文とリップル参加率の違いPaclitaxelを培養ニューロンに処理すると軸索が増える：1 2以前に留学していた吉村武先生International Society of Neurochemistry (日本神経化学会の国際学会)の合宿、advanced school神経化学会の雑誌で記事を書いています by 小山本先生ラボ (その後ゲストとして登場して先に公開されてます)MD Anderson Cancer CenterAISのタンパク質をBioID法で網羅的に解析した論文BioID法、元論文UCLAでの共同研究先：UCSFでした、間違えました(泣) by 小Adelson FoundationsMattラボで最初に出したRanbp2論文抗体のクオリティ問題に関するエッセイAAV crude prepのAllenのプロトコルHide-and-Seek論文ではHEKを凍結融解しない方法を採用しています。細胞を壊さないためToxicな成分が少ないのかなと思ってはいますが比較したことはないです。 by 小HiUGE法 (HDR非依存ノックイン)Mattラボでのメインワーク 日本語の記事SLENDR (HDR依存ノックイン)vSLENDR (HDR依存ノックイン)HITI (HDR非依存ノックイン)Split Cas9smFPスパゲッティ・モンスター教宮脇敦史先生の蛍光タンパク質の本TurboIDUltraID日本で開発されたAirIDは直接相互作用しているタンパクの同定に適しているそうです論文中で使った抗体依存的なビオチン化 1 2 3同時期に出た、permeabilitzation後にラベルした論文 (共同研究その1)Split TurboID高野さん高野さんの三者間シナプスでのSplit-TurboIDSubhojit Roy共同研究その2共同研究その3五十嵐先生井上さんご夫妻Outlookでエキスポートする方法Carolina Autism and Neurodevelopment (CAN) Research CenterUniversity of South CarolinaのDepartment of Biological SciencesThe Medical University of South CarolinaHide-and-Seekのプレプリント（が論文になったもの）Gephyrinはどこまで重要か、の議論Taniguchiさんのシャンデリア論文MADMCiliaセロトニンレセプターが良く出ている池谷研からBLA axo-axonic cell のgenetic labelingIntersectional な方法でのaxo-axonic cell labeling興奮性に働くAxo-axonic synapsedevelopment中のGABAは興奮性大学側がNIHを書くなと言ってくる例Zillow (普通留学中はアパートを借りると思いますが、一軒家を借りようとしたので手間取りました。アパートなら普通に借りれたと思います。前ボスからは「5年以上住むなら家を買うのはあり」と言われました。 by 小)羊土社の留学本近接依存性標識プロトコルの本分生でのシンポジウムこの度は呼んで頂きありがとうございました！ジョブハントは業績も大事ですがマッチングも大事です。論文がトップジャーナルに載らなくても採用のチャンスは十分にあると感じました。またこのラジオで神経分子研究の面白さが少しでも伝わっていれば嬉しいです。研究内容などに興味・ご相談のある方はお気軽にご連絡ください (小川)使ったことはないものの学びたかった手法が盛りだくさんだったので役得感ありました(萩原) 追記:公開までに半年空いた(revisionお疲れ様でした)ので聴き直してみましたが、全然内容覚えてなかったので再び学びがありました。使用しているメソッドの特徴が「これを解析するために作られた！」というくらい興味対象にピッタリとハマっているのが印象的でした (脇)

Klecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、Researchat.fmのTadasu Nozaki (@tadasu443)さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録)Show Notes (番組HP):Researchat.fmKlecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds)ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtapositiontadasuの留学紀五十嵐さん回 1 2 3 4の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました 。ありがとうございました。(tds)安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds)Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&読み方分からなかった... (tds)NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds)ハンナグレイフェローシップ辞めるか否かコロンビアは謝ったけど結局予算止まっている永島さんラボStadtmanUMass Department of Biology … tadasuの就職先ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究アリとかハチは半倍数性シダの一種だと1000以上 … Ophioderma pendulum L (n= c. 630) Ninan 1958 Cytologia, 日本メンデル協会のキトロギアから出版されていた。ウチダザリガニ300とか … 2n=376 by NiiyamaカモノハシはXY染色体はたくさん … X1,X2,X3,X4,X5, Y1,Y2,Y3,Y4,Y5ホエザルの性染色体クモの性染色体Trillium (ブルワリー)エンレイソウ北大の校章相同ペアリング中の染色体の絡まりコムギは85%がリピート染色体のばらつきと適応度  … 折角ふっていただいたのに、適当な議論だったかもしれないと反省。帰国後、やっと読むことができた鶴崎先生のご著書の中で、ザトウムシと染色体のばらつき、適応度、移動性に関する議論がしっかりされていた。もうちょっとよく考えたい。鶴崎先生のザトウムシ本、面白すぎるので皆様にぜひ読んでいただきたい (tds)Hi-CdCasでのラベリング石黒さんCloneSelect齋藤さんNR出演回 1 2 3前島ラボ … 前島先生には本当にお世話になりました。世界最高峰のクロマチン・染色体研究ラボの一つだと思いますのでご興味がある方はぜひ訪問してみてください(tds)。30 nm ファイバーはアーティファクト、2008年論文、2012年論文1、2012年論文2少数性生物学 … あまりにも最高すぎてよかった。未だに少数性について考えている。少数性reunionやってほしい。今ならいろいろ議論できることもありそう。(tds)永井先生ディクティの面白い生態 … このニュースレターのP.17で堀川先生が議論されている、細胞何個で子実体ができるのか問題。実はディクティは減数分裂に非常に重要なSpo11とRec8というタンパク質のホモログを持っておらず、その実態は謎に包まれている (tds)。Denoisingの論文平岡先生Horsetail Movement論文分裂酵母と出芽酵母の減数分裂方法の違い … 分裂酵母は染色体が少なくてみやすい。が、真核生物で広くみられるsynaptonemal complexがない（似たような構造はある)。そして、crossover interferenceも分裂酵母にはない。出芽酵母にはsynaptonemal complexとcrossover interferenceの両方がある。組換えの分子メカニズムは良く保存されている。岡田先生野地先生少数性生物学トレーニングコース … 最高だった(tds)Woods Hole MBLのトレーニングコースAlphaFold3のコード公開に関するゴタゴタDDBJアメリカの気象情報が無くなる？Cas9と配列は似てないが構造が似ているもののスクリーニング … LLMで生成してAlphafoldで予測、その中から良さげなものを人力でチェック！といいつつこれも一年前の論文なのでその後の動向をチェックする必要がある。50%ではなかったかも...FoldseekJerry Chenの論文について扱ったNR回浜ホトのORCA-Quest (最新型の2)ORCA-Fusion BTAndorのiXon EMCCDORCA-Flash (最新型の4 v3)W-View Gemini木下Jr: 安田さんの大学院時代の指導教官、故・木下一彦氏Gemini を使った仕事(再掲)ScanImage8個同時パッチ in vitro のコンフィグレーション酵母のTetrad dissectionGitHubをラボノートにするリサーチャット蛇口回Towards an understanding of the mechanism of heredity by Whitehouse … 読み比べた中では、メンデルからChromosome theory, crossover, linkage, mutation, geneまでの導出がすばらしい。クセが強すぎるのは間違いないが、遺伝学は実験に裏打ちされた論理的推論の学問であることを感じさせられる。論理的推論による遺伝学の研究系譜をちゃんとまとめたい (tds)。A history of genetics by Sturtevant PierceかGriffiths の教科書が、一般的なものの中では良さそう (tds)。物語　遺伝学の歴史 … 宮脇書店をぶらぶらしていたら見つけた平野先生の本。本当に内容がすばらしい。参考になるとおもったら上記のSturteavantの本を一部参考にしているとのことでした。入門として、そして研究者にも知識の整理としておすすめの本です。京都大学吉川秀夫先生の解説もとても参考になった(tds)。遺伝 … 1947年刊行。遺伝学普及会が作成している(隔？)月刊誌。某大学でバックナンバーを読んでいる。あまりにもおもしろすぎてまだ遺伝研が設立(1949)する年まで到達していない。遺伝学者がこれだけ自由闊達に議論している長期雑誌は世界にも類を見ないのではないだろうか。日本帰国時にちまちま読んだとして、最新号に到達するまで何年かかるのやら...1948年のどこかに書かれていた東北のあっぴ様（方言であひるらしい）という短脚の家系に関する調査はあまりにもおもしろくて圧巻だった。ルイセンコ騒動下の議論も生々しい。いつかセレクション集をつくりたい (tds)。菅野さんNR回小さいオンラインセミナーMAYosis 2023 … 小さいといっても参加者は数百人(?)ぐらい。このセミナーで私の研究の話を初めて聞いたという人も多く感謝している。運営の方々に感謝です (tds)COSYNE遺伝研総研大Vanderhaeghen lab岩田さん鐘巻ラボ西村さん渡瀨 成治さん

NYU Long/Buzsakiラボの、藤島悠貴さん(@yfujishima_) さんがゲスト。近況アップデート、最近出た唄うマウスの行動解析論文、Krakauerのオピニオン論文を元にした議論、など (6/15 収録)Show Notes (番組HP):Michael LongGyuri BuzsákiPaul GlimcherDmitriy AronoがHHMIとったAttila LosonczyAlex WilliumsFlatiron InstituteEero Simoncelliダグラス・ウェバーのコーヒーミルSimonsさん亡くなったSimonsのブリッジグラントが再編成されてFellow-to-Faculty (FtF)にTime warpingのメソッドInternational Brain Laboratory (IBL)Caleb Kemere唄うマウスの行動解析論文: Fujishima and Long, 2025（補足）サーマルカメラを直接SLEAPに突っ込む: 16bitで保存された生データに対し、背景除去などいくつかのヒューリスティックな前処理を行った上で、8bit動画に変換し、SLEAPに流しています。詳細はメソッド欄をご参照ください。（藤島）コスタリカでのフィールドリサーチティンバーゲンは、species-specific behaviorを、その種に特有の本能的な行動と定義しており、学習を必要とせず、生得的に備わっている（ただし、学習によって全く変化しないという意味ではない）定型化された行動パターン（action patterns）を指している。一連のパターン化された動きは、特定の外界刺激（releasing stimuli）によって“解放”（release）されることで引き起こされるとされている。また、これらの行動は外的刺激だけでなく、ホルモン状態などの内的要因にも影響を受ける。1951年に刊行された『The Study of Instinct』において、ティンバーゲンは自身の代表的なイトヨの研究をはじめとした具体例を通じて、これらの現象について詳述しており、この本は、1940〜50年代の英語圏において主流であった実験心理学、特にパブロフらの影響を受けた行動主義（内的状態に依拠せず、観察可能な行動のみを実験室で科学的に扱う立場）に対して、一種のアンチテーゼを提示するものとなった（らしい）。(藤島)歌い返すのにneocortex (orofacial motor cortex)が必要ということを示した論文 Arkarup Banerjee lab2wkだまるのcitation歌う姿勢（YouTubeビデオ)David Schneiderのポスドク時代のcollorary dischargeに関する論文Neuroscience needs behavior: correcting a reductionist biasJohn KrakauerMarrの3つのレベル — computation, algorithm, implementationHubel and Wiesel68年〜などと言ってますが、正確には方位検出の初出が1959論文、 algorithm (+implementation予測)の提示が1962論文 (Fig19)。(補足)computationが線を検出すること、algorithmがいくつかの丸型の受容野を持った細胞が一つの細胞に入力することで線に対応する受容野を作りうるという模式図、そしてimplementationが丸型需要野を持つLGNの細胞がV1L4にconvergeすること。(萩)ImplementationのH&W予測が凡そ正しいことを示せた2018年のScanziani論文Degeneracy: この文脈では同じcomputationを成り立たせるalgorithmが複数ありうること、もしくは同じalgorithmを成り立たせるimplementationが複数あること。Eve Marderはよく、あるneuronのoutputのパターンが同じでもそのneuronにinputする細胞群のパターンが異なりうる、という文脈でよくcircuit degeneracyと書いている。Neuroscience needs evolutionNeuroscience needs behaviorのオマージュ: evolution(先述)、psychology, Network science 全然違うNeuroscience needs behaviorCris Niell哺乳類とは全く独立して進化したタコの目の仕組みEve Marderが”toleranceと”mechanism”の粒度について語るポッドキャスト回 (Night Science)Johnson-Lindenstrauss Lemma: 高次元のデータを低次元に写しても、データポイント間のpair-wise distanceはほぼ保たれるという定理。(Chen and Pesaran, 2021 に軽くmentionあり)Krakauer兄弟同時出演ポッドキャスト回 (Brain Inspored)Current Biology: John and David KrakauerSchultz, Dayan, Montague - ドーパミン界の金字塔(ほぼreview)論文の裏話 (JNSのシュルツの自伝、pdf直リンク)Hodgikin-Huxley model論文結果としてNaとKチャネルのサブユニット数や機能を予測していたYael Niv氏の似た趣旨の論文Nathaniel DawNIHの論文をオープンにしないといけないという新しいポリシーAllen Instituteのbehavior & ephysオープンデータセットKen Harris日本がメリケン脱出組に700MHHMI Hannah Gray FellowshipやめたAng Leeさん（映画監督）ハルクに変身した主人公が怒りに任せて研究所を破壊するシーンDeepMindのLLMが医者AIがリアルな医者の診断能力を超えたという論文: text chatという点は留意海馬の表彰はgoal directedなaction planであることを示した論文Tank研の論文Dick Tsienディスカッションとても楽しかったです。物事を理解するとはどういうことなのか、それこそジョンがどこかで「科学者は哲学し続けなければならない」と言っていたのを思い出しました。またオフラインでも議論できることを楽しみにしてます。 (藤島)などといっていたら中東+メリケン戦争みたいになってしまい大変残念。Weizmannではミサイルでラボが7-8個(物理的に)消し飛んだとのこと。やれやれ。壁か卵のどちらかでいうと常に卵の側でいたい、という気持ちはあるのだが、100%の壁も、100%の卵も、そんな完璧な物はどこにも存在しないのだろう。ピース。(萩)グラントの評価ではHypothesis drivenな研究が好まれるらしいのでNatural behaviorの研究を書くのはより挑戦的な印象。でも探索的な研究はもっと増えてほしいですね(脇)

Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、後編。釣り生活、SC (superior colliculus)での音表象の仕事、Allenに移ってからの仕事、LLMの発展による日々の仕事への影響、など  (6/20 収録)Show Notes(番組HP):Walmart なんでも売ってる全国チェーンのスーパー。銃も売ってる。Rockfish メバル(?)SCの音のspatial map論文 (Ito et al., 2020)頭部輸送(伝達)関数、Head-Related Transfer Function, HRTF音のタイミングの差で音源定位、トリは脳幹のディレイラインでやっているが、マウスはどうやら違う、というコメンタリ論文。 解説:バットなどの小さな哺乳類でInteraural Tining Difference (ITD)が定位に機能しないのはわかっていて、その外挿としてマウスもITDを使用しないだろうということは言われていました。2020の論文はITDがSCの Spatial RF および空間マップに寄与しないことを言っていて、behaviorの実験はしていないので、他の脳部位の活動にITDが寄与する可能性は排除しません。SCのマップに関してはマウスでの最初の論文になるのでそれに対してどの要素(ILD, ITD, Spectral)が影響しているかについても最初の報告となります。(伊藤)Tucker-Davis Technologies (TDT) マルチセンサリー論文SCのvision mapを崩すEph genetic manipulationモデルとその応用Camplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文去年出た伊藤さんのvisual-behaviorのcell-typeモデル解析論文Change detection taskMarinaのplatform paper、VIPのsurprise表象が主なfinding (気づけば最初のプレプリントから既に2年経っている)Stabilized supralinear network by Ken MillerAlexの同データセットをHMM-GLMで解析した論文MarinaのeLife (Visual Behavior部隊の1st Gen Flagship論文)Shohei Furutachiの論文、上記のplatform paperとコンセプトがやや被ったSimuationでマルチパッチと対をなす元データの一つ:EMでconnectivityを大規模に調べた仕事 (MICrONS)Billeh et al., 2020 元になったAntonのグループの大規模シュミレーション仕事の前作Scanziani-Lienモデル: Lien&Scanziani 2013, 2018Mrsic-Flogelのlike-to-like connectivityを実験的に示した一連の仕事 1,2,3Wolfgang MaassのTensorflowトレーニング論文NVIDIA A100ADAMオプティマイザExponentiated ADAM Exponentialと言い間違えていましたが、正しくはExponentiatedですね(伊藤)Transformerの初出は2017年Matthew Botvinick 気づいたらなぜかYaleのLaw SchoolにいるAntonは小説家A. BrainAge of Cindyユヴァル・ノア・ハラリ21 Lessons for the 21st CenturyNexus: A Brief History of Information Networks from the Stone Age to AIサピエンス全史銃・病原菌・(鉄) ジャレド・ダイアモンド伊藤さんの新潟での登壇予定:Advances in Brain Modeling and AI applications (7/25に本学会)Connecting Digital Brains Across the World (7/23のサテライト)Editorial Notes:収録した話を聞いてるとこの人NeuroscienceそのものよりNeuroscience周辺の技術の方が好きなんじゃないの、と思いました。Neuromorphic chipに触ってみたいです。(伊藤)スマブラ強化学習とNVIDIAの株価の話をするのをすっかり忘れてました。あと”北大卒で音源定位”というとどうやってもマークKonishiなわけですが、その話をするのも忘れました。また次回のお楽しみということで (萩)Blue Brain Projectみたいなのを想像していましたが、それとは違ってプロジェクト毎に目的が設定されていく感じが新鮮でした。シンポジウム楽しそう (脇)

Allen Institute, D3の伊藤慎也 (@shixnya)さんゲスト回、前編。Allenの理論・計算部隊の実態、札幌での高校〜大学学部時代、インディアナ〜サンタクルズでの理論素粒子物理から実験神経科学への転身、科学哲学、など(6/20 収録)Show Notes(番組HP):SfN@SanDiegoは2013年でしたMindScopeChristoph KochCamplanola, Seeman et al. 2022 大規模にマルチパッチしてconnectivityを調べたAIBSのin vitro electrophysiology部隊のflagship論文D3: Center for Data-Driven DiscoveryD3のDirector公募中Uygar Sümbül (はD3ではなくてAIBSであることに初めて気がついた)Stefan MihalasMichael BuiceAnton ArkhipovLearning mFISHMarina GarrettPeter Groblewski札幌南高校響け！ユーフォニアムソクラテスの弁明ソフィーの世界能をつかんとする人 from 徒然草(吉田兼好)英語は絶対勉強するな！Peter Higgsユーイング装置によるヤング率測定John BeggsAlan LitkeSotris MasmanidisUCLA Silicon probe 萩原が昔使っていたのは128”D”Nでした。Nano-ZIntanDavid FeldheimNiel and Stryker 2008Jianhua CangMarcus MeisterFu/StrykerのVIPの論文(2014)Michael StyrkerKilosort: spikesortingのアルゴリズム+softwareパッケージ 最新版の4の論文Neuropixels1.0の最初の論文(2017)伊藤さんのUCSC時代の最初の論文(2017)Editorial Notes:人生を大きく左右したキーワードの一覧を見ると、なんとなく心をつっつかれるような気持になります。他の人には何でもないものなのかもしれませんが。(伊藤)東京支部・海外支部があるぐらい高校のOBOG会(六華同窓会)が強力なのですが、卒業後に登録等一切してないので行方不明者扱いだと思います。大学の同窓会もそうですが。(萩)ローテーションで別分野の研究や様々なラボの文化を体験する、というのはやってみかったことの一つ。やる側は大変だとは思いますが。(脇)

予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録)Show Notes (番組HP):渦中のハーバード(pdf)コロンビアのNIHグラント停止Hiring Freeze Announcementデモに参加したらビザ停止Stand Up For ScienceTwitterで告知2年ルールのWaiver濱崎さん回401(k)iDeCoReddit: Fire Flow Chart Version 4.3Reddit: 401(k) max vs mortgage payment三権分立の憲法への反映はアメリカが先五十嵐さん回 1 2 3 4NSFはFellowshipを出す数が半分にRedditに降臨２ちゃんに柳沢先生ご本人登場マウスも毛むくじゃらにのプレプリント狼復活論文紹介論文１：Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolutionSabatini (弟) ラボ安田さん回Jablonski図Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目)Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf)注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩)Fiber Photometry を流行らせたのはDラボロックインアンプFLIM用のcAMPセンサーWash UのYao ChenCholinergicセンサーFLIM転用Becker & HicklのFLIMInstant FLIM前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回David AndersonのState論文、たとえば 1 2 3脳の温度は結構変わるpHも睡眠とかで変わる未来予想回齋藤さん回 1 2 3論文２：Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technologyナノポアレビューDpo4CMOSによる並列化の例ONTのNanoporeONTを使ったリード精度benchmark研究階段状の建物元根さんProtein Sequencing日本語解説本社のプレスリリース動画Editorial Notes:The Apprentice の参加者になった気分です (脇)大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんNR回　前編非哺乳類モデル動物の臨床応用ハエの疾患モデル一覧パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein)ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山)アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42)自閉症モデルハエに関するReview 1 2 3ハエの求愛行動ハエの攻撃行動ハエのパーソナルスペースハエのグルーミングJulie Simpsonハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 2ハエのがんモデルでcachexiaが起こるハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリングハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 2 3ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状Indiana大学のBloomington Drosophila Stock Center京都工繊大のストックセンター遺伝研のストックセンターウィーンのストックセンターDrosophila Information ServiceFlyBaseJaneliaのSplit GAL4リソース　データベースハエゲノムプロジェクト(2000年にドラフトが完成、線虫は1998年でした。by 山)羊土社から出した『研究留学実践ガイド』連載、研究留学の技法２０２３実験医学：羊土社から刊行されている雑誌。現行。細胞工学: 学研メディカルから刊行されていた雑誌。廃刊。蛋白質・核酸・酵素: 共立出版から刊行されていた雑誌。廃刊。たまたま取れたNotchの特殊なmutationに着目したScience論文　日本語での要約NotchはDeltaとJagged(ハエではSerrate)というリガンドを見分けている(訂正：FringeはNotchのDeltaとの結合を強め、Jagged/Serrateとの結合を弱めます。by山)News & Hot Paper Digestではなく、カレント・トピックスでした(by 山)The Notch MeetingGordon Research Conference(GRC)とGordon Research Seminar(GRS)NotchのGRSGRSの座長をした際の体験談(Campus & Conference探訪記)実験医学のNotchシグナル特集どうする？コロナ禍での海外研究留学 1 2 3 4 5 日本における雇い止め問題に関するNatureとScienceの記事ベイラー医科大学って知っていますか？ヒューストンのNASAはロケットを打ち上げてない『研究留学実践ガイド』のテーマ：はじめに(pdf)留学特集の座談会記事 1 2中田大介先生安田先生NR回五十嵐先生NR回 1 2 3 4留学前後・ラボでの立ち居振る舞い：立ち読みサンプル 1 2失敗したけど、こうして切り抜けましたエピソード：特にコラム4-5から4-8ラボレポート、留学編・独立編留学をしないという「選択肢」：コラム4-10藤島さんNR回　コラム3-3(立ち読みサンプル) DEI政策の激変テキサスはDEI停止を先取りハーバードにおけるAffirmative Action訴訟Texas Children’s HospitalDuncan NRI(faculty list)Huda Zoghbi(HHMI)Rett SyndromeSCA1(Ataxin)Atoh1(Math1)DP5(Early Independence Award)独立して最初のR01が取れたPIの平均年齢は43歳(2010年 NIH調べ)Hugo Bellen(元HHMI)博士の時にやったスクリーニングからプロジェクトがたくさん生まれた 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 etc  ハーバード、UCSF、Janeliaのフェロー制度ドーパミンの産生・放出・代謝

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんラボHP(更新が滞りがち) LinkedInベイラー医科大学動物育種繁殖学教室今川和彦先生着床現象は種特異的臍帯形成などに異常があるVps26a(Hβ58)の変異マウス 1 2Hugo BellenJan and Dan Duncan Neurological Research InstituteHugoによるレビューScott Emr武田洋幸先生多羽田哲也先生後藤聡先生Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5Gerry RubinAllan SpradlingThomas CechSeymour Benzer追悼記事 1 2Thomas Hunt Morganハエ研究の黎明期メンデルによる遺伝子の提唱と再発見津田梅子先生がMorganのところでやった仕事メンデルの法則Hermann Muller放射線による遺伝子の破壊・改変を発見Marie Curieの死因発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった最初のNotchミュータントの欠けている翅HomozygousだとNeurogenic phenotypeAntennapediaとUltrabithoraxハエの記憶に関する最初の報告この系をつかった最初のL&Mの変異体、dunceの論文(cAMPの分解酵素)サーカディアンリズムのperiod変異体の論文ShibireはDynaminに関する変異体Kir2.1NaChBac遺伝学的手法を用いてハエの神経活動を操作する(リンク先Table2)GSAによるショウジョウバエの学会CSHLのNeurobiology of DrosophilaJaneliaのconferenceNRでショウジョウバエを扱った回Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学)Chemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられるarmadillo (arm)＝ハエのβ-Catenin Christiane Nüsslein-VolhardEric WieschausThe Heidelberg screen回顧録MARCM利根川先生のCaMKII-Creを用いたconditional KO (訂正：CaMKIIをcKOしたんじゃなくて、CaMKII-Creを用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山)Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの初出論文　レビューハエのElectroretinogram(ERG) 1 2ｍusashiとハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット岡野先生らによるmusashi発見博士の時にやったスクリーニング結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文ApoE2とE4: 逆でした (by 山)ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献HapMap project1000 Genomes projectCenter for Mendelian GenomicsRichard GibbsJames LupskiSynteny(シンテニー)Complementation test(相補性検定)LiqinのMARCM EMS Screenの例Hippo signaling pathway レビューこのPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本）  1 2 3 4ハエのin vivo RNAiのライブラリ 1 2 3RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う：Cell論文のFig. 2CRISPRも含めて、Mammalの例 1 2Rett Syndromeの原因遺伝子はMECP2Huda Zoghbiハエ遺伝子のヒト化T2A-GAL4Kozak-GAL4Mutationの機能的分類(Muller's morphs)Undiagnosed Diseases Network(UDN)NIH CommonfundBRAIN initiativeUDN Model Organisms Screening Center

新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes (番組HP): 抱負 イーロン・マスクはH-1Bに賛成 米国PhD持ちにはGC? バイデンがやってること J1 の2 years rule waiver おたより おたよりフォーム 前回のおたより回 佐野さんの回 小川誠二先生 ベル研究所 あの論文 1 2 松井さん 柳下さん Neuroでの北沢萩原シンポジウム 吉良さん Huberman Lab Podcast Night Science Podcast George回 Yanai アメリカでラボを持つことになったYukiさん 千歳さん回 Addgene Penn vector core の transfer UNCのvector core Kimberly Ritola Adam Hantman MouseLight Jayaram Chandrashekar Armamentarium Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない Rafael Yuste Sydney Brenner の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき 齋藤さん回 1 2 3 齋藤さんラボHP 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選 えめさん回 Three photon imaging ventralでもなかった In vivo透明化 パプリカパウダー ボイデンラボから 今井ラボから 根本ラボから JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene mStayGold 1 2 3 Comparison StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある 場所細胞のhyperbolic geometry Torus論文 まささん microRNAのTarget Sequence Allenとかで顕著なenhancer AAV CellReadr, RADAR, RADARS ITRのプロモーター活性 ミニマルプロモーターの話をした回 CRACM 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4 バインダー設計、例えば 1 2 3 4 AI Scientist Waymo Craniotomy robot 牧野さん回 ポッドキャストも置き換えられるかも みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇) アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)

University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes (番組HP): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ 日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文 かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー 留学先の所属ラボ：Jay Shendureラボ 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文 最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー JayのGestalt イベントのレコーディング シュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン 下流のBrachyury (T)という転写因子 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文 とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ ２ ３ ４ の出版論文としての結果 1 2 3 4 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7 10x sci-RNA-seq3 Smart-seq3 Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ） マーカージーンをGPTに入れると予測してくる Mappingする方法  UMAPのco-embedding Foundation modelを作っていく例 今村さん とやっていたgene regulation Zygotic genome activation 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？（pdf） 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない ダーウィン vs ルイセンコ iPSで精子作成している例 減数分裂？に関するプレプリント パキテンで止まっている 山中論文は24から4へ 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2  卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2  不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 Polony Sequencing 最近宇宙とか言ってる I-5: 東海岸を縦に貫く道路 At the Helm: Leading Your Laboratory Westlake University 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れない ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった 培養ニューロンにゲームさせてる論文 Retinaからのprojectionを再現 ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文 海馬とTransformerの関連を議論した論文 目の実装、イカとの違い 流行ウイルス予測の研究 エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2  臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) Anhedoniaの論文 加齢と記憶力、最近出た Bipolarのモデルマウスを作るような研究 小頭症オルガノイド Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま 4因子発現による若返りベンチャー 1 2  Seattle Hub for Synthetic Biology Cole Trapnell lab 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)

ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録) Show Notes (番組HP): UW medのハーフマラソン 村上春樹のエッセイ 腸脛靭帯炎 ボストンマラソンのエントリー基準 Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます 萩) 萩原(暫定)おすすめデカフ1: Sightglass Coffee 萩原(暫定)おすすめデカフ2:Linea Coffee 宮脇おすすめKarma Coffee V60 手で押すタイプのエスプレッソマシン アーロンチェア Sayl Logitechの575 Mx Ergo S Logitech Lift エレコムのベアリングトラックボールマウス　日本では謎に高い NIH Armamentarium NatureでもBluesky移行の記事が出ていた Nikolas KaralisによるBluesky移行ガイド NeuroRadioのBlueskyアカウント American Football Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです  Hiatus Kaiyote - Red Room Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard Darkside Tyler, the Creator Kendrick LamarとSZA トム・ヨークのツアー 観光客に成り下がっている写真 The Smile 論文紹介パート 論文１：Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました) Richard Palmiter ポスドクにおける仕事 先に出たリソース論文の仕事 五十嵐さんが最初に出たとき Synapto pHluorine GabaとDopamineが一緒に放出されるケース Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ Plateau Potential NNに出てた呼吸の論文 論文２：Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles Paul Blainey ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics Exosomeを使ったケースについてのレビュー Gil Westmeyerラボから同じ時期に出た類似プレプリント CellNet CROP-seq Evan Macosko Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗 最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング Jerzy Szablowski 論文３：Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum Sabatiniラボ ケータイのラボからのプレプリント GRAB 今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと Robert Datta MoSeq Tail of Striatumのaversive stimulus coding Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩く この前のSaunders ポスドクのときにいたJanakラボ 似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい RealTimeLinux Editorial Notes: ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原) このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)

鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes (番組HP): 菅野さん 個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース 鹿児島大学 人文社会学研究科 公認心理師 アカデミックグルーヴ本 から派生した法人 清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士 公認心理師と臨床心理士の違い 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻 田尾さん 国立大学の中期計画 3期 4期 文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ 半分co-メンター：田川さん 早稲田大学人間科学部 山元大輔先生 Satori遺伝子 山元先生達によるSatori関連の続報 長谷川眞理子先生 長谷川寿一先生 山内 兄人先生 性分化の研究 石浦 章一先生 による一般向けの本いろいろ 菊水先生 星野先生 岡ノ谷先生 苅郷さんの NR回 丸山工作先生 遺伝研の小出先生 高橋阿貴さん 武田先生 博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位USVCAM論文 大隅先生 個性創発脳の新学術 揚妻先生 富山大の松本先生 産総研の橘さん と一緒に書いたUSVSEG論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん 苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う １ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント 学生向けのスクラップボックス 石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声 動物心理学会 タッチモニタを用いたマウス実験系(pdf) 編集長である後藤さん 九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭 山口のYCAM ゲンロンのシラス かごしま環境未来館 くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー 担当している講義の一覧 スタンフォード監獄実験 ミルグラムの罰を与える実験 注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性（菅野） マンハッタンで暴動 文系のための生命科学 岡ノ谷先生の書籍 渡辺茂先生 脳神経科学イラストレイテッド 脳科学辞典 ベストティーチャー賞 近藤滋先生が自邸で行った研究 高木正勝 風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント 坂井克之先生 高木正勝と坂井先生のトークイベント 東北大の長神さん 情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ

研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes (番組HP): NotebookLM 元ラボのポスドクのTweeprintとNotebookLM のBioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事 に対するPeter Dayanの文章："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん 千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence Kグラント Rutgersが燃えていたツイートの一例 五十嵐さんリターン回 毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ：k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com この前録った古館さん回 スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料 Cython Mex MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった PyQt %##じゃなくて#%%ですね汗 Neurodata Without Borders GitHubをラボノートブックに Benchling ELNの議論 最近のEvernote DP2 DP5 DP5はVISAは大丈夫そう 論文パート 論文１：Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit Liqun Luoラボ 種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇) 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文 Toll発現量のグラデ―ションに関する論文 この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurin マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文 この先報：Teneurinのやつ 宮道さんの昔の仕事 論文２：The fly connectome reveals a path to the effectome Jonathan Pillow FlyWire祭り Motor Cortex祭り BICCN祭り 2018年にデータ取得は終わっている Davi Bock (今はThe University of Vermont) Clay ReidのところでV1のEMリコンストラクションをやっていた Editorによる序文 Flagship論文 1 2 Neurotransmitterの推定 なぜかCellに先に出てた MorphologyからCell Typeの推定 構造から機能を推定 Sebastian Seung FlyWireのゲーム EyeWire論文 Anthony Movshon にボコられている動画 Samsungにいった? Mala Murthy のトラッキングの仕事、例えばこれ JaneliaのFly Hemi Brain C Elegansのコネクトーム *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000. 8000個のCell Type *今回のハエはオスでは無くメス Instrumental Variableの論文 2021年のノーベル経済学賞 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩) SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩) Light Fieldでハエ全脳の活動を見る BuzsakiのLog-dynamicl brain Songさんのシナプス強度のLognormal分布 線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作 普通にNatureでした(萩) DMDM IBL David Rowlandのツイート 1 2 Editorial Notes: NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇) K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)

古館さん(@ShoheiFurutachi) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes (番組HP): 古館さん 前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana WittenのCognitive Demand論文 茨城県の県立医療大学 パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚 千歳さん のNR回 河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男 五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov Vijay Namboodiri Moserラボ DMDMの論文 のレビュワーコメント(pdf) Karel Svoboda Steinmetzの仕事 尾藤先生 ASCONA Lake Conference Visual CortexのConnectivity 例えば：1 2 FENS Massimo Scanziani Cyril Herry Letzkus 内田さん 天羽さん SfN 2024 PrincetonのTigerBrain SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series Carlos Brody David Tank Jonathan Pillow Nathaniel Daw Annegret Falkner Tatiana Engel グローバルCOE(pdf) 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング Krakauer Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー UCL Ophthalmology Carandini Andy Peters Ace Hotel Gilles Laurent MPI Collective Behavior Iain Couzin 100匹くらいの魚とか Median Rapheの仕事 Matt Lovett-Baron Deisseroth Losonczy 魚を始めた 伊藤さん Chris Harvey Noah Pettit Selmaan Chettih Christopher Zimmerman Science Eppendolf Prize Zachary Knight CTAの仕事 について話した回 番組で扱ってたのを忘れていた(萩) 宮道先生 のTRAP(初代) 五十嵐さんのタスク Nelson Spruston のタスク paAIP2 稲垣さん 小宮山ラボ 服部さん（現Scripps） のNN2023 大木研 村上さん 医学部の機能生物学セミナー ドイツの戸田さん 伊丹十三 のエッセイ：この２つのどちらか １ ２ 黒田さん と中野さんのNR回 大木研のLP 林-高木先生 ダルメシアンの図 Editorial Notes: ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古) dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩) 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)

Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes (番組HP): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員） 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト） 理研　和光キャンパス　開拓研究本部 トークしたイベント 濡木先生 西増先生 井上梓先生 古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文 最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報 平野清一さんのIsrB構造論文 ゲノム編集で病気も治るようになってきた トマトでGABAを増やす 魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー） 合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg のHERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビSpizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa Peel-and-paste：これのb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g） 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例 登さん Deliveryの話、例えばコレ 昔のラボメンはK99取ってた マイキーのPEG10 ジョブハントパート 小関先生 医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤）  東大の真下先生 Cas3の論文 五神真先生 大阪大学の蛋白質研究所 定量研と卓越研究員制度 今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ 独立後の計画 Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回 有識者会議 科研費倍増への運動 後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達 本田圭佑 HFSPミーティング 長田重一先生 アポトーシスの写真 二階堂先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 加藤英明先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 奥山先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文 吉田稔先生 古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん 寺坂さん 松田真弥さん 松本さん 古館さんのNature論文 長井淳さん　飲みましょう！！！（by齋藤） 齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤） 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)

神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録) Show Notes (番組HP): 日本神経科学会奨励賞 一個下の後輩、村上さん 元ボス（大木先生、が授賞式に来ていた） 元ボス（アンドレアス、が裏枠でトークしていた）のシンポジウム Neuroscience Researchに出した論文 長谷川さんの前例 Andrew Holmes 北沢さんとのシンポジウム 北村さん 尾藤先生 Michael Greenberg のBrain Prize Lecture 後藤先生 五十嵐さんが言ってた回 今井さん が見つけてきたお店 長崎の平和会館 佐藤達雄さん Carandini 佐藤さん主催のサテライト企画 Greg Stuart 安田さん Letzkus et al. 2011 Kampa and Stuartの論文 田川さん 奥野さん 知覧特攻平和会館 虎に翼　NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩) 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて　 宮台真司先生　が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。　(萩) Jay Shendure NeuroTree George Churchのページ ボストンでもオーロラが見えた オーロラを観にこの温泉に行きたい (萩) Paperpile SigmaPlot 文献紹介パート： 文献１：Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior Alice Ting Yulong Li KORD SPARK CAR-T SynNotch TRUPATHアッセイ TurboID 文献２：Neural circuit basis of placebo pain relief Grégory Scherrer 数年前のPainに関するミニスコープの仕事 Analgesia: 鎮痛 プラセボと治験についてのレビュー Fos TRAP初代 二代目 von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf) PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核 Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与 NPAS4 TRAPの論文 Spontaneous ActivityによるHebbian Plasticity EmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージング Adam Cohenの方 MECのLeft-right-alternating theta sweeps LECのイベントストラクチャー表象 Editorial Notes: 朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原) 掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)

定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん(@kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録) Show Notes: 北沢さんラボ Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場) Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...) 北村貴司さん 北西祐貴さん (後藤研メンバー) Michael Greenberg御大 ERC さきがけ (PRESTO) LinのBiorxiv Lin のNpas4 Cell 2020 論文 Sheena Josselyn / Paul Frankland Sadegh Nabavi 伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179) DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting Greenbergの2014 (Malik et al.) Seattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022) Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立してKCl-IEG実験(Tyssowski2018)とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。 Chao Sun エリンシューマン Anna Klawonn 米原さん フィリッポ オーフス大学 BGI Greenberg Fos engram 論文 1, 2 Fens Kavli Network of Excellence Ryohei Yasuda Peter Scheiffele Yang Dan Ole Kiehn FENS2024 ウィーン  Alice Ting Brain Conference 古館さん いまスペインに旅行いくと水かけられる Barcelona anti-tourism protesters fire water pistols at visitors (CNN) FENS2026はMadridらしい 池の平ホテル Editorial Notes 「白樺リゾ～ト～池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢) シンポジウム盛会を祈念しております！しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇) 福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)