DiscoverNeuroRadio
Claim Ownership
74 Episodes
Reverse
TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
Doudna
TEDに出た
神経科学学会にDoudnaが来た
U-Haul
DeepL Write
2021のIntercalated cluster論文
ChatGPT
Claude
Nature系列がやってる校閲サービス
Paperpile
Tushy
Totoの携帯用Washlet
シュピューラー
おたより紹介パート
押尾学
重要度と緊急度のマトリックス
ビジネス書
論文は常に書いていくもの、の出典
を書いたGeorge Whiteside
岡本太郎的な
Trachtenberg
ScanzianiがNeuronに出した
Yang DanからNature
Mriganka SurからNature
加藤さん回
のChR構造論文
佐野さん回
あやかさん回
研エン
神谷先生
発火頻度のログノーマル分布
Alison Barthのやつ
Toroidal回
GEVI回
Kilosort4論文
牧野さん回
サットン本
藤島さん回
麻しんワクチン接種について(Q7)
ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像でした
Editorial Notets:
優しいおたよりばかりでホッととしました (脇)
健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)
健康診断、3年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)
Show Notes (番組HP):
たち:白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど)
コメント募集!のGoogle Form
Querie.me
3年めのJ1ポスドクのタックスリターン
IRSのExemption 記述その1 vs 記述その2
SPRINTAX ReturnsとCalculus
税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事
7000ドル追加徴税の回
日米租税条約第20条廃止について:1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい?
JHUがまとめたフェローシップリスト
NIHグラントのEligibility
USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと
Jetstreamの芯が国際規格に 6年前でした
宮脇が使っているLAMY の万年筆
Faber‐CastellのE-Motion all black
萩原さんが想定していたLAMYの万年筆 (サファリ)
ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000
ペン回しの技一覧
さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。
ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。
文献紹介パート
一報目:Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA
Arc Institute
Patrick Hsu
Silvana Konermann
西増先生
マイクロスケール熱泳動
Evo
二報目:Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’
Nicolas Tritsch
Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation
Frenemy
Bernardo Sabatini とTritschのb2b nature
Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig
Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした
SchultzのRPE
メンデル捏造?に関する議論のまとめ
赤色dLight
Mohebi & Berke のNature論文
Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文
内田さんの論文
最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文
一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、
自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした
Voltage IndicatorのPhotoswitch
IRを一緒に当てると褪色が遅くなる
Kaede
CAMPARI
X-CAMP R
RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21)
初代mScarlet
Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input
Stephanie Cragg
三報目:Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP
平林先生
Bio-stationさんのポッドキャスト
Franck Polleuxラボ
田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文
もう一報出てたやつ:Polleuxラボからでした
本来のScanning Ion Conductance Microscopy
SypHer
iATPSnFR
Editorial Notes:
ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)
引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)
北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)
Show Notes (完全版):
大久保さん個人HP
吉良さん@Chris Harvey Lab
計数工学科
Michael Fee lab
FeeラボでのNature論文
の日本語版解説
FeeラボでのNeuron論文
の日本語版解説
Rachel Wilson lab
Neuron論文
Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML)
パターン認識の教科書の表紙
Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。
Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul
Patricia Churchland
Mark Churchland
Anne Churchland
Terrence Sejnowski
The Computational Brain
Dmitriy AronovのScience論文(HVC破壊してもSubsongは残る)
COSYNE
Temperatureのやつ
鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など
Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文
親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動
Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める
Genetic Dissectionのレビュー論文 2008
Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010
ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降(ここ10年)解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。
麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事
並木さんの下降性ニューロンの仕事
実際split-Gal4作りがうまくいくと(2つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると)、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが(大久保)
ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます(大久保)
髭さんのキノコ体の電気生理の仕事
並木さんの下降性ニューロンの仕事
ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain
大学院生がやった行動実験の仕事(嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う)
Vivek Jarayaman
の仕事
ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事
ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している3つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり!
Janeliaがハエのラインをリリースした(Split-Gal4)
風間さん
Wade Regehr
Bernardo Sabatini
Chris Harvey
Michael Greenberg
北京脳科学研究所の組織図
メンフクロウの音源定位のレビュー この頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。
鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか?
小西正一先生のobituary
Matt Wilson
Josh (Siegle)
CIBRでのPI公募
The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事
Jakob Voigts
Open Ephys
DeepLabCut (DLC)
Advanced Technology Team
Image Analysis Collaboratory @ HMS
Institutional Knowledge
Instrumentation Core @ HMS
北京脳科学研究所のInstrumentation Core
AquiNeuro
Cyril Herry
Fixstars
OpenScope
Jérôme Lecoq
Mark Schinitzer
異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ている
Segment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例)
DeeperCut
Editorial Notes
この度は貴重な機会を頂き、有難うございました!過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保)
自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇)
生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)
新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)
Show Notes (番組HP):
震災関連の寄付窓口まとめ
最近のエピソード
〇〇を救いたい
NeuroRadioへのお便りフォーム
Querie Tips
研エンさん
の、おたよりフォーム
Overleaf
DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事
Science Advancesにのったやつ
について扱ったNeuroRadio回
ニコラス就職
K99/R00
去年の年始回
2023年宮脇お気に入りアルバム 10選
Favorite Album 2023まとめツイート
Sufjan StevensのJavelin
Illinois Apple Music Spotify
Call Me By Your Nameで使われてた歌
ギランバレーになった
10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP)
Flirt
Heba Kadry
YMOのAbsolute Ego Dance
Jbal Rrsas
9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol
Menos
Joao Gilberto
Stan Getz
Nara Leao
8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify
Late Night Drive
Hyperdub
Lucy Railton
James Underwood
Ryoji Ikeda
Alva Noto
7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth
Bucket Listener
Vegyn
Frank OceanのBlonde
Blonded Radio
PLZ Make It Ruins
6: Model/Actriz – Dogsbody
Amaranth
Steve AlbiniのBig Black
Rapeman
Shellac
Arca
5: Sanam - Aykathani Malakon
Bell
CAN
Faust
4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – Intiha
Muddat
Nicolas JaarのTelas Apple Music Spotify
Ziggy Stardust Apple Music Spotify
3: Goat - Joy in Fear
プロモ映像
Kraftwerk Man-Machine Apple Music Spotify
Weired Fishes / Arpeggi
boomkat
KakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify
2: Titanic – Vidrio
Anonima
Mabe Frattiの作品
ラジオのように
Life Without Buildings
1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic Spotify
Rush
Beatrice Dillon
Steve ReichのIt’s gonna Rain
Pharaoh Sanders
Albert Ayler
その後につづいたシングル 曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりました
Dissect podcastのBlondeに関するシリーズ
2023年萩原おすすめYouTube 5選
1: パワーチューブ
おすすめ動画: 2023年最新!ベンチプレスの【基本】はこれで分かる!日本王者解説!
牛山選手
SBD
が主宰するシェフィールド
2: Jeff Nipperd
おすすめ動画:How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time)
Broscience
Progressive Overload
今古賀翔
走ることについて語るときに僕の語ること
3: 散財小説ドリキン
おすすめ動画:「本日最終日!ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話
おしりが洗えるシャワー
を取り上げたNR回
U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPods
Rebuild.fmどりきんさん回まとめ
4: ReHacQ−リハック−
おすすめ動画:【最先端!快眠の科学】Google賞金4.5億!天才睡眠学者が登場【常識覆す研究】
日経テレ東大学
菅前総理回
国民民主党の党首回
新NISA回
山崎元氏による新NISA解説
5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座
おすすめ動画:ミシュラン1つ星イタリアン店の「スパゲティ・カルボナーラ」【#イタリアンプロ養成講座 vol.8】
Regalo
落合務のパーフェクトレシピ
戸羽シェフのチャンネルに首つっこんだ回
ステッカー試作品
Editorial Notes:
今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)
2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩)
有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議
齋藤さんNR回 1 2
使った発表資料(pdf)
Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf)
ヴィースのHow We Work
ヴィースのしくみに関する記事
Business Development人材のリスト
Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology
Jay Shendure
David Baker
Rui Costa
浜崎さん
林さん
浜崎さんの歴史的な仕事
コンデンサマイク vs ダイナミックマイク
Blue Yeti
Brooks Brothers破産
今年のBlack Fridayはそんなに良くない?:10月からの割引が結構あったという話らしい?
Shure MV7
Shure SM58
Shure Beta 87A
イアンの回
昔の北沢さん回
MOTU M2
Shure SM7B
(Geforce RTX) 3090
Neumann U87 Ai
U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用
Jeremiah Cohen
UWのEric Shea-Brown
豊泉さん
Stefan Mihalas
MindScope終了
Shaul Druckmann
最後の方の稲垣さんの仕事
Sandro Romani
M3 Pro Max
論文紹介パート
論文1:Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learning
Christine Constantinopleラボ
Randy Brunoラボ
Brunoラボ時代の仕事
Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした 脇)
Bruno、ポスドク時代の超絶技巧
Larkumラボ
の上だけ止めるmanipulation:たとえばコレのBaclofen局所投与
Brodyラボ
Brodyの所で出した論文 1 2
塩野七生
ローマ人の物語
コンスタンティノープルの陥落
中島さんのCellの仕事
さやかさん回 1 2 3 4
タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事
Silvia Arber
optogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does do
さやかさんの論文
AllenのABC Atlas
GPCRのInternalizationによる不活性化
DATのアンタゴニストGBR 12909
柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2
George Augustine
Erwin Neher
細胞内カルシウムのモデリングの仕事
論文2:Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brain
Doudnaラボ
SV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文
Cell Penetrating Peptide に関するレビュー
筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリント
Broadの人達がやっているデリバリー 1 2 3
論文3: Full field-of-view virtual reality goggles for mice
Daniel Dombeck
David Tank
2光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007)
海馬での応用が2010 NN
Chris Harveyの仕事
Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッション
Zemax
論文4:Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types
Loisa Cochella
Mime seqその1 in Nat Meth
miRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解
glycolRNA Cell 2021
Bertozzi
筆頭著者のRyan Flynn
続報プレプリント
Bertozziは元々糖鎖合成の化学者でした
論文5:Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdala
ハンドラーの性によって行動が変わる、の論文
ラット、かくれんぼする
ラット、くすぐられて笑う
Brecht
Contributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだあります。
Editorial Notes:
マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇)
昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩)
University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim) ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)
Show Notes (番組HP):
中野さん
黒田さん
Optical BiologyのPhDプログラム
SWCのPhDプログラム
Tom Mrsic-Flogelラボ
Tim Behrensラボ 1 2
Lucy (Rotten Tomatoes)
黒田さんがラマンをやっていたところ
USMLE
水島研
大木研
Elective Clerkship(エレクラ)体験談いろいろ
Matteo Carandini
Kenneth Harris
Cortex lab
Isaac Bianco
Florian Engert
Andreas Shaefer
クリック研究所のNeuroscience
King’s College London
Jeffrey Erlich
Carlos Brody
Athena Akrami
LabVIEW
Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン)
PyBpod (全然メンテされてなくて微妙)
Bonsai Harp
Gonçalo Guioma
Allen が引き抜いたBruno Cruz
の論文とか
Ivan Voitov
Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron
Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力)
Aruduino
Maxime Rio
IBL
IBLのHarpによるBehavior control
Champalimaud (IBLの出資元)
SLM (Spatial Light Modulator) 解説
Michael Häusser
Adam Packer 2015
Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡
Thomas Akam
Mohamadyによるプレプリント
Timが最初にやったNose Pokeの仕事
Cambridge Probes
GPCRのInhibition PdCO
2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない
服部さんのpaAIP使った仕事
古館さん回 1 2
Sonja Hofer
SWCの顕微鏡チーム
Troy Margrie
Rob Campbell
Bruno Pichler
の会社INSS
COSYS
のDaleさん
Tiago Branco
SWCのウイルスのコア
SNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版
Marcus Stephenson-Jones
Tom Otis
Angus Silver
KennethのNeuroinformaticsコースClass Page
Ken Harris のnonsense correlation
イメージングとTranscriptomeの対応
Yoh Isogaiラボ (現Allen)
Gatsy Computational Neuroscience Unit
Peter Latham
Maneesh Sahani
John O’Keefe
Tiago のSynaptic Threshold
Goal/Subgoal
SC
Georg Keller
Karl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い)
Rainer Friedrich
元々DTIをやっていた
Mark Walton
Tolman-Eichenbaum Machineの論文
James Whittington
金森さん
2011年のHo Ko論文
Ho Ko lab
Andy Murray lab
デスク含め全てが波打っている
SpareRoom
Editorial Notes:
LUCY観た人いたら連絡してください笑(中野)
Georg推し人間みたいな感じになってしまいました(黒田)
2人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです(脇)
新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました(萩)
UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori, gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など(11/10 収録)
Show Notes (番組HP)
服部ラボHP
服部さん過去NR回
最近のMetaRL論文
DEA:麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ)
服部ラボ求人広告
Florida Atlantic University
のHonor college(FAUの成績優秀者が通うキャンパス)がUF Scrippsの隣にある
U-HAUL 大手引っ越し業者
U-box
2P-RAM
Diesel2p
First Author の Che-Hang Yu
INSS
Bruno Pichler
COSYS
Spencer Smith
さん達の会社
フロリダの魚
数回落ちてる過去出演者
SFARIのエリジビリティ
小宮山先生
最初のCell
Ken Harrisの nonsense correlation
PatchWarp 論文
Community Review (今はMulti-Journal Submission)
Heliyon 確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部
Cell Reportsシリーズ:一応Cell Reports(生物学的発見)でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部
これより前のNeuron論文
Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learning
UC バークレーのグループによるもの
A2C
Jeremiah Cohen
Yasuda先生のラボ
が開発したpaAIP2
サットン本
Deisseroth のOFC論文
StuberのOFC論文
JeremiahのNeuron論文 (Bari et al)
JeremiahのbioRxiv論文
SfNのDeisserothラボ左右Foraging
David Sussilo
D-labのRetrosplenial論文
NeuroSarの手術ロボット
RWDの手術ロボット
Mackenzie Mathis
フロリダ大学のスパコン NVIDIA A100 GPUが1,120枚入っているのでAIのトレーニングに便利です by 服部
Editorial Notes:
また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください!(服部)
手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇)
僕は爬虫類やや苦手です(萩)
Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)
Show Notes (番組HP):
Lake Conferences
トゥーンでの開催
ASCONA
Pico Caroni
Silvia Arber
Rainer Friedrich
元ボス
ゲオルグ
Rui Costa
DeepLabCutのMathis
Brain Behavior Observatory (BBO)
IBL
Enhancer-AAV その1 その2 その3
千歳さん
第一回論文紹介
SfNでの発表 トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう 脇
エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブ ムシモルじゃなくてNMDA lesionでした 萩
エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅い
Leutgebのレビュー
NR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう 脇
Ilana Witten
AndreasラボのCTA論文
Zimmermanさん
Scott Sternson
Yuki Oka
Zachary Knight
一番搾りの写真
五十嵐さん
吉良さん
Hide Inagaki氏
Rajesh Raoさん
Predictive Codingの伝説的なNN論文
古館さん回 1 2
Arisの論文 2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇
DJ Club
新築の建物
Dissect Podcast
In Rainbows
High and Dry 実際の歌詞は don't leave me high/dry なのですが、なんか通じましたね笑 -確かに!
Don’t let me downのルーフトップコンサート Let it beセッションの収録だがGet backのB面
SpotifyでPodcastの中に音楽埋め込みができる
Spotifyのドキュメンタリードラマ
戦場ポスドク氏回
Ofer Yizher
のTwitterで外人ポスドクがEvacuateしている様子
Harvardが声明文出すの遅くて抗議されていた
論文紹介パート
論文1:ATLAS: A rationally designed anterograde transsynaptic tracer
Don Arnoldラボ
AAV1
YFV-17D
NeuroRadioで扱った回
Intrabodyとは
10th Fibronection Type 3
mRNAディスプレイ(in vitro virus)の根本先生による日本語解説
FingR論文
使われているAnti-Creの抗体
AAV2-rgのトロピズム、これのTable S2
論文2:A neural mechanism for learning from delayed postingestive feedback
Richard Palmiter
Parabrachial CGRP がCTAに効いてるというNeuronの仕事
慈恵の渡部さん
の仕事
Hailan Huの2報 1 2 (と言ってたら10/18に続報がまたNに)
リチウムはこれとHailan Huが混乱してた感じが 萩
ジョセリンのexcitability-based allocation selection
同じ路線の質問応答をマークのポスドクとイラーナがtw上でやってた。cAMPはありそう。萩
Mark Andermann
MarkAndermannの興味が(Sリバレスとのコラボで)そちらに向いてた
遅れて反応するVTA細胞もいるというZachKnightの仕事
論文3:Brain-Derived CCN3 Is An Osteoanabolic Hormone That Sustains Bone in Lactating Females
Ingrahamラボ
Amrosiラボ
Ingrahamラボの前報
冬眠っぽい表現型が出るセルタイプ
宮道先生
のグループによるARC Kiss1の閉経後ダイナミクス
苅郷さん
論文4:Point of View: Beware ‘persuasive communication devices’ when writing and reading scientific articles
日本の時にやってた仕事
Orchestrateしてるかは怪しい仕事
RabiesのSci Adv論文、supplementary notes
Natureのアブストの書き方指南
この前の北沢さん回
Editorial Notes:
風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね(脇)
爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩)
定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活1年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)
Show Notes (番組HP):
北沢さんラボ
北沢さん過去エピソード 1 2 3
神経科学学会2023
FMIでの仕事
新潟の脳研
とのシンポジウムで帰った時の写真
DANDRITE
竹内さん
米原さん
三國さん
佐藤大祐さん
蚊のラボ(熱帯医学講座)
Sadegh Nabavi
最近のスイスの滞在許可の言語要件
北沢ラボ研究テーマ:vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろう
スナップショットを越えようとする例。その1 その2 その3 その4
Erin Schuman
Chao Sun
Chao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージング
Brain Prize 2023
Michael Greenberg
Erin Schumanの歴史
Npas4は両方やってそう これですか?
Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかも
Bito先生あたりで一度言われていた
Thomas Kim
Seth Blackshaw
Sageghが出してた
Frontier
Molecular Brain
BioRxivに出ている
OptoでLTPのnature
Fens-Kavli scholars
FKNEのコミュニティサービス業務の一つ:PhD awardにギリで落とされた萩原
Denis Jabaudon
Johannes Gaeff
Guillermina López-Bendito
Flavio Donato
Tomas Ryan
収録後に実際にボルドーのFens-Kavliカンファに参加して、Keynoteで来ていたSheena Josselynともちょっと仲良くなりました!
FENS (Federation of European Neuroscience Societies)
ボルドーニューロキャンパス
ボルドーの高橋さん
Julien
Julienの2022Science
Cyril Herry
Filippo Rijli
Nikolas Karalis
ParisBrainInstitute
オーサーシップの複雑なScienceAdvances論文
Breathingの仕事
ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons
前回のJCで読んだGreenberg Harveryの仕事
のNR回
Thomas Oertner
DRGをモデルにつかった古典の例 あと、これとか
2013年の最初のTRAP論文
カルシウムから転写までのシグナルに触れたレビュー。その1 その2
TTX存在下でのHigh Kによる転写制御のGreenbergランドマーク的論文 その1 その2
収録中Fig4でのロジックをどうしても解読できてなかったのですが、収録後になんとなくわかりました。活動・カルシムの下流のシグナルを阻害してもFosが変化しないので活動が自律的にFosを誘導していないという風な文脈なんですね。ただ、阻害されたシグナルが活動特異的なものでは特になく、しかも活動の下流を全部つぶしたわけではない(CamKとか)ので、データだけフラットにみると有名なシグナルをcherry pickにいくつか阻害したけど結論が出ませんでした的な感じの印象が強くなってしまいました。活動だけで特異的に駆動されるシグナル (のモジュール) とかがあると助かるんですけどね。。。 (北沢)
Gi-DREADDの作用機序は結構複雑:Rothのこのreviewがわかりやすくまとまってる
リリースを阻害するテタヌストキシン軽鎖 (TeNT Light Chain)
Francesco Ferraguti
Fred Gageのところで作られたDGとCA1をFACSで分けるプロトコル
Kaz Tanaka / Tom McHughの仕事が引かれていない
DavidのGeorgの海馬の方 (4年くらいbRに放置)
DavidとGeorgのV1の方 (reviewを経て謎の新興ジャーナルに)
北沢さんらがミスったbioRxivの引用 (3人目以降のオーサーが落ちるのが共通?)
Bito先生がDeisserothと昔やった仕事
Richard Tsien
CREB周りは、0.1Hzでのリン酸化CREBの免染をしてくれるだけでだいぶ理解が深まるのになーということをコメントしようと思っていて忘れていました。MAPKやCamKシグナルに関しても同様なのですが。北沢
CREB屋さん、Josselyn
Editorial Notes:
文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね!(北沢)
BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…?Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体2種類を使ってるのも若干気になります (脇)
北沢娘から2人称「あなた!」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩)
Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん(@feynman1104)と井上清香さん(@s_k_inoue)がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど(9/5 収録)
Show Notes (番組HP):
ジョブハント編
アメリカでPIになる: 井上さんによる就活日記。これを開きつつ聴くのを推奨
井上さんNR過去出演回 1 2 3
尾藤研
Deisseroth lab(D-lab)
昌俊さん過去の仕事
森憲作先生
Nirao Shah lab
清香さん過去の仕事
WashU, Radiology, Biophotonics Research Center
WashU, Psychiatry
Rent vs Buy
苅郷さん(NR出演回は上述の過去出演回3)
加藤さん
のNR出演回
ChRmine論文
R1大学
全米大学協会
言い忘れてましたが、主にMSTPプログラムがあるところに応募しました
オススメ日本の就活YouTubeビデオ:コレやアレ (注)あくまでも息抜きに見てください。
オススメ英語の話し方YouTubeビデオ:この方のチャンネルは、アメリカでのキャリアディベロップメントに役立つスキルが沢山学べます。(清)
2nd authorになってるやつ
HarvardでAffirmative actionが違法に
StanfordのDEI関連ポスドクコミュニティ
NeuroMatch Academy
Stanfordで教育の活動、BioBuds:自分の研究について1コマ喋ることができる、シラバスにも載っているプログラムがあります。(清)
Bay area近辺の小学校に行っていた活動:SiE
Stanford, 中学校でやるやつの募集:Stanford Brain Day
Talia Lerner
Taliaのtips
内規、例えばコレとかソレとかアレ。WashUのSchool of Arts and Sciences
WashUのNeuroscience Community
新しく作られるNeuroscience Building
ステロイドホルモンが神経回路にどう影響するか、どう薬に応用するか? Active Researchはこちら
”中西部サボテン”の回 (誤った認識に基づいた偏見です、本当にすみません… 脇 ネタとして楽しんでます…清)
WashU 日本人Alumni: セントルイス・ワシントン大学の教員
廣川先生
早石修先生 追悼インタビュー
岡崎令治先生
岡崎フラグメント 1 2
Arthur Kornberg
新ラボ宣伝編
WashU RadiologyでPET scannerが開発された (昌、追記)
WashUはPET開発が盛ん
ChRmine, ratでtranscranial stimulation
Photoacoustic imaging, 脳への応用は例えばこれ
Shapiro lab
マウスの更年期障害モデル
井上さんがやっている摘出系
宮道先生が最近出された年齢を重ねるにつれてARC kissのActivity dynamicsが変化する、の仕事 Ageに伴いEstrous cycleがAcyclicになっていく(Fig2)。この1つのFigだけでも仕事量がすごい。(清)
FDA approved 産後うつ治療薬 Zuranolone (SAGE-217/BIIB125)
WashUのInternal Funding これでも一部なのです!(清)
Photoacousticのコアの装置
装置開発しているラボ@biomedical engineering
Wash U のNeuroscience Retreat
Unitedの上級クレカ 追記(昌)、Green card holderなら、Priority passとGlobal entryペアがベストではと思います。
モンサント
シグマアルドリッチ
セントルイスの水運と発展の歴史
WashU 1853年創立
Weee!(まささんreferral)
セントルイスの治安、エリア別 北側と東側が街全体の犯罪率を釣りあげている
セントルイスは住みやすい
2010年とやや古い資料ですが、羊土社のWashU在籍日本人ポスドクへのアンケート
バドワイザー
セントルイスピザ
彼を知り己を知れば百戦殆からず:Future PI SlackJob Applications 2022-2023 North America only
NeuroJobs
Editorial Notes:
自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか(?)あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌)
NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です!興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清)
ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました!またよろしくお願いします。 (脇)
UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩)
UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori, gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など(8/27 収録)
Show Notes (番組HP):
服部さんGoogle Scholar
UF Scripps Institute Neuroscience Department HP
Takao Hensch lab
Takaki Komiyama lab
FビザのOPT
坂野仁先生インタビュー
中島さんNR回
Venkatesh Murthy
Catherine Dulac
Nadine Gogolla
Armenise: ハーバード医学校の神経科学のラボが多く入ってる
森下さん
Tania Barkat
bioRxivになっているCross Modality その1 その2
Uchida先生
Daniel Polley
Adam Kepecs
牧野さん
のNN論文
Simon Chen
のNN論文
2017 Nature Communications, Eun Jung Hwang et al
最初に出しているInhibitory Neuronに関するレビュー論文
小宮山ラボでのCell 2019論文
牧野さんが最後の方にやってた課題
Schnitzer研のCrystal Skull
服部さんの手術法論文 ガラスを曲げていない分、ガラス窓はSchnitzer研のものより小さいです by 服部
サットン本
基礎は本で勉強(例1、2、3、4)
PatchWarp論文
牧野さんのNRインタビュー
小宮山ラボでのNeuron 2022論文
Harris, Steinmetz, Stringer, Pachitariuらの分散論文1、2
Anne Churchlandの分散論文
Meta-learning論文:in press の OFC論文のこと
2019年のBari et al.
Jeremiah Cohen
dPCAを使った論文
bonsai
Dale則
AutismのCareer Transition Award (Simons Foundation)
J1 Waiver: J1 VISA2年戻らないといけない義務を免除する手続き (日本人の場合、J-1ステータス中に海外学振等のgovernment由来の助成金を受給した人が対象)
San Diego のスクリプス研究所
UFによる$100でのフロリダキャンパス買収 UFの病院組織の関連施設という位置づけでの合併なので、UFのメディカルスクール等の傘下に入ったわけではなく、研究所としては変わらず独立して運営されています by 服部
スクリプスのPhDプログラムの詳細
フロリダ大学のAI研究・教育への取り組み強化に関する記事
Stefan Leutgeb
佐々木先生
MPFI
Fitzpatrick
UCSDのスクリプス海洋研究所
パッチ: Patch-foragingと呼ばれる、よりethologicalなexplore/exploitation課題のこと
Cindy Poo
Chris Harvey
吉良さん
Carlos Brody
David Tank
ヒヨコによる数認識
ミツバチ等の虫による数認識
サル・カラスによる数認識
Unity 人気のゲーム開発エンジンの一つ(使用例)
UnityはAIベンチマークによく使われる
ScrippsのStipend リンク先には2023年度のStipendレートがのっていますが、2024年度は収録内で言及したレートにする方向で調整中らしいです(まだ確定ではないと思いますが)by 服部
Warren AlpertのAward
Warren Alpert, 服部さんのページ
SimonsのAutism (補足:リンク先では給料が70kになっていますが、2023年度からは85kです。応募資格や募集領域は、各財団で年度ごとに変更される可能性があります。応募を考えている方は最新の情報を各財団のHPで確認してください。 by 服部)
SimonsのSystems Neuroscience, Computation Neuroscience
SimonsのAging, Plasticity
Burrough wellcome fund (ヨーロッパの財団かも?って言ってたのは、ばっちりアメリカの財団でした by 服部)
Branco Weiss Fellowship (これはブリッジングというよりはPDでも独立後でもどっちもいけるタイプ 萩)
Ediitorial Notes:
長い時間インタビューしていただきありがとうございました!大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです!ポスドク募集の詳細はこことかここを参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。(服部)
チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます(ただし夏に限る)。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇)
そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原)
古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP+LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など(9/2 収録)
Show Notes (番組HP):
予測誤差タスク時のV1神経回路活動に関する最新プレプリント SWCのブログ記事
予測符号化に関するKellerとMrsic-Flogelのレビュー
Kellerのnn 2016
Tian et al.
Tirin Moore
Robert Wurtz
LatencyによるAttentionがかかる議論の具体例1 (by Wurtz) と例2 (by Desimone)
Floris de Lange
はPrediction-ErrorはHigherだって言っている
Alex Attinger
Lisa Giocomo
Uchida lab
Kim et al., Cell 2020
Sensory Prediction Errorの際のReceptive field を見る(ArisじゃなくてPowelでした)
Oddball 課題
Marinaのタスクでもオフレスポンスを見ていた (Cortical top-downはL1aとb両方でした by 古)
Randy Bruno
の仕事
あとBurkhalterのL1 inputsのsegregation論文もありますね。(古)
Alison Barth
の仕事
Carl Petersen
の仕事
Rabiesの仕事
SST44, Chris Harveyのヤツ
Nuno Macarico da Costa
AllenのEM, VIPは一部のSOMにしかいってない
Scanzianiのスライスのデータ(Inhibition of inhibition, nn)
Marina Garrett
の論文がNatureに送られた
Crick Institute
OxfordのDPAG (Department of Physiology, Anatomy & Genetics)
Bob Datta
ロブションのマッシュポテトのレシピ
Distributed decision making
Neuroscience Needs Network Science
(Pan-)Expansion Microscopyを上手く使えば?
R. Clay Reid
Ilana Witten
藤島さんの回
齋藤さんめっちゃ活躍してる
五十嵐さんのNR回 1 2&3 4
Editorial notes:
NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古)
予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇)
しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩)
Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI(TomとSonja)のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました(9/2 収録)
Show Notes (番組HP):
古館さん
Prediction-Errorに関する最新プレプリント
Tomラボ
Sonjaラボ
バイオステーションポッドキャスト 続編 (先にこちらから聴くことを推奨)
Jan Gründemann
長谷川さん Thalamusやってる
Rippleとか
David Foster的な
Tim Behrens的な
Loren Frank的な
Sam Gershman
Matthew Botvinick
Kim Stachenfeld
の仕事
Nelson Spruston
Mesoscope (2P-RAM)でとった仕事
動画
NeuroPixels 2.0 の 4-shank
Grosmark + Losonczy 対側でLFP記録
VRだとPlace Cellが疎になる
Ivan Voitov
の論文
Hippocampus Book
坂野仁先生インタビュー 「天が己をして何をなさしめんとしているか」にはシビれます (古)
AxelがやってるOlfactionのNovelty Coding
Georg Keller
のPrediction Error (Fiser et al., 2016)
MorganeがやってたPulvinar
後藤先生
喜田先生
北沢さん NR回 1 2 3
齋藤さんNR回1 2
米原さん NR回 1 2
YunyunのNature論文
Astorocyteのトレーシングやってた
Adil
Ho Ko のConnectivity 論文 その1 その2
金森さん
Liqun Luo
宮道さん NR回
中野さん
Petr Znamenskiy
の論文 (Ivana et al.)
Ann Duan
Carlos Brody
Tiago Branco
Yoh Isogai
Bernardo Sabatini
eLifeのGtACR論文
eOPN3
PdCO
eNpHR3.0
JAWS
Ed Callaway
サグラダファミリア
登さんの回 1 2
Lake Conference
Ascona Circuits Meeting
Adam Packer
五十嵐さんの回でもあった
Marcus Stephenson-Jones
Tom Misch
Editorial Notes:
ライミングを含め色々猛省します! (古)
合同セミナーでの「発表前に靭帯切れてG先生ブチ切れ」というイントロを謎に覚えています(脇)
一度は住んでみたい土地: ロンドン・京都 (萩)
一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム?、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録)
Show Notes (番組HP):
オフ会:#NeuroRadioオフ会
検査のspecificityと言ってしまってますが、陽性的中率が正しい
Hoteling desk
HHKB 白/無刻印
Grubhub: ウーバーイーツみたいなもの
マイナスのチップ
AwatramaniとDombeckのドパミンサブタイプ論文 in NN
のプレプリント版を読んだNR回
Sabatini (弟) のN
Nicolas TritschのN
論文紹介パート
その1:Magnetic control of GFP-like fluorescent proteins
Calico
Maria Ingaramo
Andrew York
リボフラビン、FAD、FMN
FlavinTag
鳥の磁場感知 by ErCRY4
磁場感知のラジカル仮説
Magnetogenetics使えるとか使えないとか
Adam Cohenの磁場感受性小分子
Snouty
その2:Ocular dominance columns in mouse visual cortex
Max Planck Institute for Biological Intelligence, Martinsried, Germany
Hübener
Bonhoeffer
Amiram Grinvald
猫カラムIntrinsic Imaging
BonhoefferのPinwheel論文
二光子イメージングでPinwheel 大木先生2006N
Mrsic-Flogelの2007 Neuron
2005年の大木先生の仕事
2005年Callosal projection neuron @ Binocular Region に Ocular dominance column?2015年を言い間違えました 萩
Olavarria
Category representationがPFCにある Nature, NN
Georg Keller
Tobias Rose
TwitterアカウントのFree Moving二光子動画
Tara Keck
マウスだとLGNで右と左が結構まじっている
し、V1でLGNのAxonをimagingするとOD plasticityが見える
マウスのレチナの錐体細胞には色選択性があり、局在も違う
400 nmの刺激でバイアスを消せる
萩原の2021年のODを調べた仕事
Callawayがやりだしたシリンドリカルな補正 (MovieS1がわかりやすい)
Horton
新世界ザルのOcular Dominanceは個体によってまちまち
その3:A modular chemigenetic calcium indicator enables in vivo functional imaging with near infrared light
Eric Schreiterラボ
トリプトファンでJF dyeをクエンチするハロタグ変異体
光誘起電子移動による蛍光プローブの設計(PDF)
jGCaMP8論文
iGECI論文
iGlucoSnFr論文
GPCRベースのアセチルコリンセンサーがそのままFLIMイメージングに使える
IR-FPが光るためにはBiliverdinがいる
Voltageセンサー、Voltronとか
CaMPARI
Editorial Notes:
PETによるイメージング、学部で習ってたっぽいですね。N先生すみません! (脇)
日本の夏は白桃が最高でした。体重はもう戻りました。(萩)
登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録)
Show Notes (番組HP):
青葉市子 その1 その2 その3 その4
ユザーンとのコラボ
コーネリアスと坂本慎太郎とのコラボ
ユザーンと環ROYと鎮座ドープネスのコラボ
STUTS w/ 松たか子 PUMPEE
Cell Typeについて議論したNR中島さん回
ドーナツが浮いてるマップ
Single Action Potentialをdetectするマウス
Medullaのdissection by Jean Legallois その1 その2
pre-Bötzingerの同定
Cell TypeとCell Stateの違い in 植物 例えば細胞周期
葉っぱの表と裏でEpidermisのマーカー遺伝子が違う
隣の所長(Hong-kui Zeng)が書いたレビュー
U WashのJay Shendure
が書いたCell Type分類やめようのパースペクティブ
Jay ShendureがChurch研で出した仕事 その1 その2 その3 その4
Combinatorial indexingのscRNA seq(プレートベース、sci-RNA-seq)その1 その2 その3
リネージトレーシング(ゲシュタルト)
Alex Schier (今はBasel Biozentrum所長)
のゲシュタルト応用 (ZebraでDevelopmentalな情報も載せたトランスクリプトーム) その1 その2
マウスは無理では、と口走ってますが、それこそJay Shendureがそのうちやってしまいそう...
転写因子が細胞間を移動して根の分化を促す その1 その2
In vivo RNA seq: Live-seq
について紹介したリサチャ回
CRISPRを使ってスクラッチパッドに書き込む:DNA typewriter
そういうことをやりたいと言っていたPIのNR回 その1 その2 その3
fMRIの再現性問題
GCaMP in 食虫植物, in オジギソウ, in シロイヌナズナ
オプトジェネティクス的なことを植物で、のレビュー、ChR2の適用
ナノマテリアルで植物にCRISPR関連マテリアルをデリバリー その1 その2 その3
登さん as an Assistance Features Editor (AFE)
現在募集中!
他の雑誌の似たポジション その1 その2
Plant Cell
のeditorial board
アメリカ植物生理学会 ASPB
登さんが書いたIn Brief 1 2 3 4 5 6
The Sainsbury Laboratory
TSL group leaders (過去のグループ)
Norwich (ノーリッジ)
DANDRITE
ERC Advanced
K99
New HampshireのGRC
齋藤さん NR回 その1 その2 最近出したN論文
Researchat.fmの野崎さん
話したTSLシニア研究者
TSLのコアファシリティ
移転します(場所はほぼ変わらない)
隣にある大学, University of East Anglia
ケンブリッジの方:Sainsbury Laboratory Cambridge University
Sainsbury Wellcome Centre
Gatsby FoundationのFocus Areas
一緒にドライブしたヒト
給料上げろというUCSDの運動がうまく行った
UWもやってる
Precision Breeding, 最近の動向, TSLの記事
Editorial Notes:
分野の垣根を越えて色々お話できて楽しかったです。ラボ立ち上げメンバーを募集してるので少しでも興味のある方はぜひご連絡ください!韻は踏めなくても大丈夫です。(登)
鎮座ドープネスから草は繋げられましたね…アラビドプシスじゃなくてカ◯ビス(脇)
次回以降の宮脇ラップに乞うご期待だYo (萩)
Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)
Show Notes (番組HP):
登さんHP
NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5
Eckerラボ
オンライントーク その1 その2 その3 (おすすめby登)
津田ラボ(現華中農業大学大学)
津田先生
放射線植物生理学研究室
セシウム蓄積に関する研究 その1 その2 その3
フランス政府の給費留学
留学したフランス原子力庁のラボ
Max-Planck Institute for Plant Breeding Research
Köln (Cologne)
ケルシュ
PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その1:植物免疫による微生物への影響、RNA版
登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2
IlluminaのRibo-Zero (ディスコン:植物用のものが製造終了)
根腐病
PhD三部作その2:Multi-omics版
PhD三部作その3:異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い
野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション
植物と動物のマイクロバイオーム
鉄(栄養)を使った免疫
葉っぱは疎
細胞壁
III型分泌装置
植物の共生
EMBOの新米PI用ワークショップ
Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017
ポスドク応募時に書いたメールについて
脳メチローム その1 その2その3 その4 その5 他多数
UPennでやったエチレン研究 その1 その2 その3 他多数
シロイヌナズナ全ゲノム解読論文
植物へのMicroarray
シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line
Eckerキャリアインタビュー(2007年時点)
ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物
In Human
ENCODEでのJoeのトーク
Ecker in HHMI
Ecker in BICCN
Ecker in BICAN
プロトプラスト
Full ProfessorのStudy
Salk InstituteでのSymphony
ポスドク三部作その1:Seed-to-seed single nucleus
atlas
ポスドク三部作その2:感染時の植物のMulti-omics + MERFISH
ポスドク三部作その3:PHYTOMap
Bing Renラボ
のBICCN論文
転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究
植物の細胞セグメンテーション
vizgen
MERSCOPE
SeqFISH
Long Cai
BacteriaをターゲットにしたSeqFISH
STARMap
Xiao Wang
Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした!
HybISS
Sequence-by-ligation、例えばこれ
Sequence-by-synthesis
アムホテリシンB
Expansion Microscopy +
Spatial Transcriptomicsの仕事
FISSEQ
Harvard Fellow
NanoString
10x Genomics
EASI-FISH
Paul Tillberg
EEL-FISH
各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics
Slide-seq
Evan Macosko
Fei Chen
Slide-Tags
INSTA-seq
Je Lee (現Ultivue)
DBiT-seq
CUT&Tag
開発したRong Fan
最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq
Pixel-seq
Stereo-seq
最近NanoStringを10xが訴えた
登さん新ラボのアナウンスメント from TSL
Janelia Fluor
Quantum Dot
Editorial Notes:
これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう!(登)
次会えそうな時は感染症に気をつけます! (脇)
そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
ラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録)
Show Notes (番組HP):
Jimさん
BICCNのNatureの1st
AWSのS3
Code Ocean
DataJoint
Andreas Tolias
DeepLabCutのMathisのとこ
Data Joint使ってるラボ一覧
Logitech MX Master 3S
LogitechのVertical
MacのMagic Mouse
TrackPad
40%のErgoのキーボード、Cornelius (一体型)
Rebuild.fmの人も40% (Atreus) について話した回
セパレートのやつ(Corne)
今使ってる75% Keychron K2 Pro
60%配列、たとえばPolaris
Appleの指紋認証キーボード (Magic Keyboard with Touch ID)
青軸、茶軸、赤軸
8月頭の日本の神経科学会
論文紹介パート
論文1:Strong ubiquitous micro-promoters for recombinant adeno-associated viral vectors
ITRにもプロモーター活性がある
degradationのターゲットになったりする
CaMK2aプロモーターの長さによる違い
論文2:Primate-conserved carbonic anhydrase IV and murine-restricted LY6C1 enable blood-brain barrier crossing by engineered viral vectors
LY6C1について指向進化したプレプリント from Devermanラボ
AAV-F
AAV9Pシリーズ
肝臓のdetargetingをEngineeringでやった仕事 (CAPシリーズ)
M-CREATE
AlphaFold-Multimer
APPRAISE-AAVのプレプリント
論文3:A non-image-forming visual circuit mediates the innate fear of heights
Sudhof
Peng Cao (曹鵬)
Looming刺激に対するSC関与の仕事@Science
Tiago Blancoの仕事 1 2
Bo Liラボのマウス絵
vlPAGがFlight-Freezingに効く
ipRGC (Intrinsically Photosensitive Retinal Ganglion Cell) はサーカディアン系に投射を送る、Pupil Sizeのコントロールも、その一部はGAD2+でGABAergic.
Ventral LGNはipRGCから入力を受け取っている
論文4:Altered grid-like coding in early blind people
developmentalに視覚障害をした場合でも情報量は落ちるが残る場所細胞、HD cell
fMRIでグリッドらしき活動が取れる from Niel Burgessラボ
4-fold symmetryが見えた先行研究その1、仕切られた空間の移動
その2、アバターのトレース
ヒトにおけるGridモジュールの距離:Nature Neuroで電極刺した仕事
暗くした場合はGridの表象は落ちるがモジュール内の活動相関は残る
論文5:‘Necessary and sufficient’ in biology is not necessarily necessary – confusions and erroneous conclusions resulting from misapplied logic in the field of biology, especially neuroscience
Dayu LinラボからのAntagonistic circuits mediating infanticide and maternal care in female mice
Editorial Notes:
Dayu Linラボ関係者におかれましてはすんません。内容は全然いいんじゃないでしょうか。読んでないけど。 (萩)
自作ワークステーションに愛着が湧いてクラウドに移行できない (脇)
Pieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速2光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録)
Show Notes (完全版):
Allen Institute for Neural Dynamics の SAC
クラカウア―のアンチreductionistペーパー
題材とした論文:High-speed low-light in vivo two-photon voltage imaging of large neuronal populations
Vincent Pieribone
Jerry Chenラボ
GEVIパート
黎明期のプローブ
FlaSh (Siegel and Isacoff 1997)
SPARC (Ataka and Pieribone 2002)
VSFP1 from Knopfelラボ (Sakai et al.)
ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくいという問題があり、使いづらかった。
GEVI開発で気を付ける点は以下(St-Pierreによるレビューを参照)
細胞質ではなく膜上にセンサー分子がある局在する必要があるため、センサーのTraffickingが良く無ければいけない
膜状にしか存在できないため、利用可能なセンサー分子の数が少ない。暗いし、SN比の要求が高い
上の問題に付随して、照射強度を強くする必要があるため、褪色が速い
脱分極に対して蛍光が増えるか減るか
二光子励起ができるか
2005年に岡村先生が報告したホヤ(Ci)由来の電位依存ホスファターゼ(VSP)の電位感受ドメイン(VSD)は膜移行性が良く、これを用いたプローブが2007年から出てきた。また、2011年にはロドプシンが電位依存的に蛍光を変化させるタンパク質として使えることが報告された。現在では、この2つの電位センシングモチーフが主に使われている。
1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列
1-1: VSDの末端に2つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ
VSFP2
Mermaid
VSFP-Butterfly 1.2
Mermaid2と2β
ただしkinetics遅め
1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ(特にpHluorine改変体)
ArcLight
ArcLightメカニズム論文
Marina 正の方向への変化
VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。
1-3: VSDの細胞外ループにcpGFPを挿入するタイプ
ASAP1 from Michael Linラボ, NN 2014。Francois St-Pierreが筆頭。VSDベースでキネティクスが良いモノを作るのが目標。VSDは4回膜貫通型タンパク質であるが、そのHelix3-4間のextracellular loop のうち、A147-T148の間) に円循環変異を施したsfGFP-OPTを入れる。
ASAP2s
ASAP2f
ASAP3
ASAP4 正の方向への変化
JEDI-2P 二光子でスクリーニング
SpikeyGi1&2 今回の論文
予備知識:
GFPが光るしくみ:Ser65–Tyr66–Gly67が自己触媒反応(特にArg96とGlu222に依る)を経て蛍光団HBIを形成し、チロシン由来フェノール基が脱プロトン化されると励起可能になる。脱プロトン化に主に関わる残基はHis148, Thr203, Ser205(GFPの構造論文)。 ちなみにGCaMP2では、GFPで言う203番目のthreonine側鎖の方向が本来あるべき位置に近づくこと、His148の代わりにCaMのArg377が水分子を介してHBIと水素結合を形成すること、が発色団の脱プロトン化に重要らしい(GCaMPの構造論文)
cpGFP:GFPの円循環変異では、N末・C末をリンカーで繋ぎ、144番目の残基と145番目の残基新しくC末・N末としているものが主流。つまり、GFPのHis148はcpGFPではHis4となる。
2. ロドプシン系列
予備知識:
ロドプシンのPhotocycle(神取先生レビュー):ground state→L→M1→M2→N→O
電位依存的に光る仕組み:Nの時に540 nmの光を受けるとQというstateに代わって、Qの時に570 nmの光を受けると強い蛍光を発する。
DTDモチーフ:シッフ塩基からプロトンを受け取る細胞外側のD(ArchだとD95、Ace2だとD81)や、脱プロトン化されたシッフ塩基に細胞内側からプロトンを渡すD(ArchだとD106、Ace2だとD92)を含むモチーフ。
2-1: ロドプシンそのものの蛍光を見る
PROPS from Adam Cohen ラボ
Arch
QuasAr1,2
QuasAr3, paQuasAr3
Archon from Boydenラボ
QuasAr6a,b
ただしロドプシン系は二光子では使えない。
2-2: ロドプシンのC末端に蛍光タンパク質/色素を融合し、ロドプシンとFRET
ロドプシンのC末端に蛍光たんぱく質をつけて励起。電位依存的な構造変化が起こって、蛍光たんぱく質がロドプシンに近づいた時にFRETが起こり、暗くなる。つまりロドプシンが電位センサーかつFRETアクセプターとして働く。ロドプシンより励起に必要なレーザー強度が少なくて済み(1/50~1/100程度)、ロドプシン単体のものほどではないがキネティクスが速い(ASAP系よりも速い)。
Ace2N-mNeon from Schnitzer lab
VERNAM 赤
Ace-mNeon2, VERNAM2
pAceとpAceR 上と同じ論文中で。正の方向への変化
Voltron JaneliaのEric Schreiter lab Janelia Fluorの利用
Positron 正の方向への変化
おまけ:
第三の原理:hVOS
Yuste達がside-by-sideで比較した論文
StayGold
顕微鏡パート
Jerry ChenのCRACK。とそれを読んだNR回。Elly Nedivi, Peter Soとの共著の仕事。抑制性シナプスのクラスタリングを見たもの。
広域顕微鏡開発で使われたTemporal Multiplexing単純な仕組みとはいえ、<10nsの時間解像度でシグナルを処理するFPGAの設計は結構トリッキーらしい(Kaspar談)。2x
Jerry Chen, Fabian Voigt, Helmchenの広域顕微鏡
Spencer SmithのTrepan2p
4x
Chen, Spencerの広域顕微鏡
SpencerのDiesel2p
Spatial MultiplexingはそれこそPeter Soが先駆けGFPの蛍光が2~3nsなので8nsのtemporal delayではcross-talkないのでは...と言っていますが、これは光子数が1/eになる時間なので、e^3~=20から、ざっくり全蛍光の5~10%くらいは漏れ込んでもおかしくないことになります。
Denoisingパート
Self-supervisingの説明を簡略化のためにDeepCADを例に用いて行いましたが、DeepVIDではspatialなinterpolationも行われています。ターゲットにするフレームの10%(この値はハイパーパラメタサーチの結果empiricalに決めている)をblindにしておいて、L2の計算をこのblind pixelsのみに対して行うことで、spatialな情報も利用するようになると考えられます。Shot-noiseはtempora/spatialともに独立なノイズになりますが、signalはspatialにもlocal correlationが高いことが多いので、ノイズだけが主に消えることになると考えられます。元になったアーキテクチャ・フレームワークRonnebergerらによるU-Netと3D-U-NetU-Netを元にしたノイズ処理の元ネタ: Noise2Void
Editorial Notes:
タンパク質構造予測でドッキングシミュレーションとかまでできるようになってきたみたいですが、構造のデータに基づいて、rationalに、センサーのリンカーはどのくらいの長さでどの配列が良いのか、とか、どこにどういう変異を入れるとどういう性能が上がるか…みたいなのは予測できたりするんでしょうか。Lin Tianのは配列データだけで構造の情報はあんまり使えて無さそうだし。それはさておきQuasAr4,5をご存知の方はこっそり教えてください笑(脇)
VoltronシリーズのEricがオプシンベースのやつも2p励起で動くとか最近のオプティカで言ってたらしい。タイトルはBando, Yusteのreview、"...in a way a “holy grail” of neuroscience, could be carried out by imaging membrane potential."より。 (萩)
理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ@ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録)
Show Notes:
田坂元一さん
最近の子育て学習におけるSMT→OFC→VTA回路の働きを報告したプレプリント
宮道ラボ
戦場ポスドク – エルサレム通信 掲載号
根岸ラボ紹介
Adi Mizrahiラボ
コペンハーゲンのFENS 2016
遭遇したテロ
Small GTPaseの軸索伸張に対する影響を調べた大学院でのお仕事
Carl Petersen lab
KomiyamaさんのNature Paper
Georg Keller, Mismatch Neuronの発見
Awakeのin vivo targeted patch clamp recording from Petersenラボ
Johannes LetzkusのDisinhibition論文
Patrick Kanold lab (現JHU)
2010 Nat Neuroのb2b, Patrick Kanold と Adi Mizrahi
Andrew King
Kerry Walker
2011のAdiの所からNeuronに出たPupの匂いを嗅いだらAuditoryのTuningが変わる、の論文(Lior Cohen et al.)
Rob Froemkeラボ
STDPの仕事
Bianca Jones (Marline) ラボ
のFroemkeラボでの仕事
DukeのLarry Katz Obituaryその1 その2
Israel (Eli) Nelken ラボ
Mickey Londonラボ
Michael Hausserラボ
Ami Citri ラボ
Robert Malenka
Inbal Golshen ラボ
Liqun Luoラボ
2013年に出たAdiの仕事 in Liqunラボ
初期のTRAP論文
Howard HughesのCollaborative Grant
Karl Deisserothラボ
Ed Callawayラボ
2018年のAdiラボでの一発目の仕事
TBのマウス: Cre依存的にCAGプロモータの制御下で発現するtTA(T)とhistone-BFP-myc (B)をH11という遺伝子座に入れたマウス
セカンドのCasey (Guenthner, TRAP論文の1st)
2015年のBotond Roska
Mayfordのfos-tTA
TRE3G元論文
Adiはコカローチでキャリアをスタート
Richard Mooney ラボ
Yoav Livneh @Weizmann
Andermann lab
Lindsay Schwartz@St Jude
Laura DeNardo@UCLA
2020年NeuronのTemporal Association(TeA)論文
2006年とか2007年とか EmoryのRobert LiuとかがPlasticityって言ってた
A1がPlasticって言われていた2011年のNeuronは上記のLior Cohen et al.
FroemkeにもらったBehaviorデザインの論文はJenniferのものです (by 田坂さん)
USVに対してPreferenceを示す論文(菊水さんがコレスポの2007年の論文)
A1だとLeftの方がresponsive?の論文
Oxytocin Receptorの染まりが違う@JN
イヌとかでも左右差ある
リトラクトではなく左右が逆だった
銃弾の痕が残る門
ヘブライ大学キャンパス
イスラエルの地理
イスラエル-パレスチナ問題の歴史とか
バンクシーの世界一眺めの悪い部屋
迎撃システム(アイアンドーム)
Tel Aviv大学
Weizmann Institute
川島さんラボ
乗合タクシー(シェル―ト)
水関先生
NeuroRadio宮道先生回
インスコ(ピクス社のnVista)
Patrick KanoldのOFC論文
OFCはReversal Learningに必要
Pup retrievalはホルモンと関連付けられている(上記Bianca Jonesの仕事)
Virgin Femaleでも学習することができる from Froemkeラボ(Nature 2021)
Rbp4 Creという良いドライバーライン
Vijay Namboodiri et al., NN 2019 (Stuberラボ) のmedial OFCのConditioning時の活動変化
Allenのペーパー、Rbp4-creの投射パターン(IT/PT)を見た論文:Tasic et al., Nature 2018 (Extended Fig. 8)
宮脇が想定していた論文(このデータからすると宮脇さんのIT寄りという指摘は正しい気がします。ただしL5そのものがITを多く含んでいそうなので、Rbp4-CreでラベルされるPopulation内のPT・ITの割合はL5をそのまま反映しているのかもしれません。補足させてもらうと、我々はOFCのOutputに着地したかったのでSubcorticalにProjectionしているNeuron群から記録したいという思惑が最初にありました。このTasic et al., Nature, 2018のFig3cでALMのL5 PT cellがSubcorticalに投射している一方で(mPFCではありませんでした、すいません)、L2/3、L6からは投射がなかったので、L5のPTを含むPopulation markerとして手に入りやすかったRbp4-Creを使いました。by 田坂さん)
Mini 2p
Stephen SeaのNeuronのやつ
MD: Mediodorsal Thalamus
イアン・シュミットさんの仕事
中島さんの仕事
稲垣さんのペーパー
SMTはpainのリレーの箇所
SMTを潰すと逆転学習がしづらい その1 その2
フランスのWolff
Johannes Kohlラボ
的なStage Specificトレーシング
宮道ラボでのstage specificなトレーシング
Acute vs Chronic の代償機構、例えばGoshen et al.
2019年のKeystone@Allen Institute
Editorial Notes:
久々にお話できて楽しかったです!飛行機が着陸する際に皆で拍手をする謎の風習など、意味不明なイスラエルの風習や事件簿をもっと紹介したかったのですが、あっと言う間に収録が終わってしまいました(笑)。次回また呼んでもらえるよう頑張ります!(田坂)
イスラエル、食事が美味しいというのは本当で、連れていってもらったYehuda市場の雑然とした飯屋と、テルアビブのMiznon(いまや国外進出してるらしい)のカリフラワーとピタを食べに再訪したい。(萩原)
エピソードが面白すぎて収録中笑い堪えるのに苦労しました笑 イスラエル絶対に一度は行ってみたいですが、やはり単身で乗り込むのは勇気がいる印象。。。学会で行ける機会を伺います(宮脇)
NYUでResearch Associate, 秋から米国PhDコースの藤島悠貴さん(@yfujishima_) がゲスト。RA応募時のこと、現在行っているSinging Mouseの研究、PhDアプリケーション全敗から2年間のRAを経てオファー大量獲得へと至った経緯、思考プロセス、得たノウハウ等を伺いました (4/5収録)
Show Notes:
藤島さんHP
PhDアプリケーションについてのブログ記事 by 藤島さん
RAアプリケーションのブログ記事 by 藤島さん
Michael Longラボ
Darcy Kellyラボ
NYUのRAプログラム
Max Planck FloridaのRAプログラム
Kevin Spencer
Joseph LeDouxの本, 例えばThe Emotioal Brain
GREいらなくね?の記事
Alston’s Singing Mouse (Scotinomys teguina) の解説
Michale Fee ラボ
2019年に出た始めてのSinging Mouse論文 (pdf)
UT AustinのSteven Phelps
鳥の歌学習過程における神経シークエンス変化を追った論文
Deer mice の歌についての論文
ダウンスイープで歌う…の動画
表紙になってた
去年の一月に出た、人間の会話メカニズムについての論文
MikeはZebra FinchのMotor Productionに興味がある: Publication listはこちら
OMC V5 における歌表象プレプリント (収録の時言葉足らずになってしまいましたが、songの一つ一つのnoteに併せてmodulateされてるunitはほとんどなく(一部あるのはsensory feedbackぽい)、songの長さで調整してみてやるとtrialごとに揃っていることから(それぞれのunitのfiring patternは多様(Fig.4))、noteではなくてsong全体を操っているのではないかということで、そういうmodelingをすると、2019年論文でやったcoolingでの結果も併せてpredictできたよということでした。coolingで脳活動を遅くしてあげると、曲の長さが伸びますが、そのときnoteの長さが伸びるのではなくて、曲の伸びた分より多くのnoteで埋められます by 藤島さん)
Arkarup Banerjee lab at CSHL
Dmitriy Aronov の 論文
Dmitriy Aronov lab
Buzsaki lab
DmitriyのCaching論文, 例えばこれ
Andreas Bendensky lab
Hopi Hoekstra lab
Betta Fish の仕事、例えばコレ
New York, New York
SoP (Statement of Purpose): アプリケーションの時に使うエッセイのこと
Bence Ölveczky lab
Richard Axel
Vikram Gadagkar lab
Jesse Goldberg lab
Charles Zuker lab
Zuckerman Institute
Center for Theoretical Neuroscience
Larry Abbott
Ken Miller
Jonathan Pillow lab
Alex Willams lab
Eve Marder lab
Surya Ganguli lab
Scott Lindaman lab
Margot Elmaleh
MargotによるRAシリコンプローブ記録の仕事
Liam Paninski
Katherine Nagel lab
Eero Simoncelli lab
Annegret Falkner lab
Dayu Lin lab
Illana Witten lab
Mala Murphy lab
UCLの研究に特化したMaster Course (MRes)
Marc Howard
COSYNE2023
WES (World Education Services) によるGPA変換
Havard のGPA推移
Dukeによる受かったヒトGPA平均の公開
マーク小西 Obituary
Fernando Nottebohm lab
Allison Doupe
Michael Brainard
YusteラボでのDmitriyとJesseのコラボ論文
Neural Mechanism of Acoustic Communication の Gordon Conference
Yuki Haba さん
Princeton学生によるアプリケーション添削
NYU学生によるアプリケーション添削
XPLANE
UJA(海外日本人研究者ネットワーク)
の早野さん
UJA海外留学支援制度データベース
福留さん
XPLANEさんのPhD奨学金リスト
Richard (Dick) Tsien lab
HarvardのResearch Associateプログラム、PiNBAC
Eric Kandel, MD
Richard Axel のエピソード(ノーベル賞のbiographical) “I was allowed to graduate medical school early with an M.D. if I promised never to practice medicine on live patients”
安部公房、人間の妊娠期間エピソードの真相(象…?)
砂の女
Torsten Wiesel, MD
Thomasさん@Buzsakiラボメンバー
African Nile Ratsの生態など
TingleyさんによるGlucose Level とHippocampal SPW-Rs論文
Flatiron Institute
Bob Datta のツール、例えばコレ
NY家探しブログ記事
Editorial Notes:
憧れのお二人とお話できるとのことで舞い上がってペラペラと話してしまいました。この数ヶ月間すごい研究者たちと沢山会って自分もすごくなった気がして調子乗ってましたが、夏からはペーペーの1年生ですので、気を改めてエンジョイしつつがんばりたいと思います。NYCに遊びに来られる際はお声がけください。(僕が最初に読んだLeDoux先生の本はAnxiousでした。パニック発作持ちだったので。)(藤島)
そういえば、九大医3年生の時に当時神経解剖学教室・小坂研にいた福田孝一先生(現・熊大医)からLeDouxのSynpticSelfを借りパクしたのがAmygdala-fear systemとの出会いでした。去年(10年以上経ってから)お詫びのメールを送ったら「そのまま持ってていいよ」とのことだったので、この場を借りて感謝です。「まずはカンデル本通読して・ニューロルシダで形態トレース、話はそれから」とか言われたのでその後解剖に寄り付かなくなって生理に行ったわけですが...。(萩原)
これ学部時代に聴いてたら米国RAに飛び出していたかもな~と思いました(脇)