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This study challenges the assumption that herbarium specimens are unsuitable for transcriptomics by demonstrating that informative mRNA can be extracted from them. Researchers successfully assembled transcriptomes from RNA derived from herbarium samples, comparing them to fresh and silica-dried samples. The practical value of archival mRNA was showcased by functionally validating a plant immune receptor from a 1956 specimen. Despite lower RNA integrity scores in older samples, next-generation sequencing and phylogenetic analysis were still possible, revealing evolutionary relationships. The research highlights the importance of preserving herbaria, as they can be used to investigate plant genetics and disease resistance using advanced sequencing techniques. Ultimately, the work broadens the scope of historical mRNA research, emphasizing the significance of herbaria as vital resources for biological exploration.Source: Herbaria provide a valuable resource for obtaining informative mRNAAlexa S. Tyszka1, Khong-Sam Chia2, Eric C. Bretz1, Linda Mansour1, Drew A. Larson3, Philip Carella2 and Joseph F. Walker. doi:  https://doi.org/10.1101/2025.02.12.637878

This research paper examines the protein structures of secreted molecules, called effectors, from various gall-forming pathogens, including fungi, oomycetes, and plasmodiophorids. By using AlphaFold2, a powerful machine learning tool for predicting protein structures, the researchers identified several key protein folds that are conserved across kingdoms. The analysis revealed species-specific expansions of certain folds, such as ankyrin repeats in gall-forming plasmodiophorids. Furthermore, the study investigated the evolution of SUSS effector families, which share structural similarity but exhibit extreme sequence divergence. The findings highlight the importance of structure-guided approaches in understanding the diversity of pathogen effectors and their role in manipulating host immunity.Source: Structure-guided secretome analysis of gall-forming microbes offers insights into effector diversity and evolutionSoham Mukhopadhyay, Muhammad Asim Javed, Jiaxu Wu, Edel Pérez-Lópezdoi: https://doi.org/10.1101/2024.09.03.609900 https://doi.org/10.7554/eLife.105185.3

This research article focuses on the clubroot pathogen Plasmodiophora brassicae, which is a devastating disease affecting brassica crops worldwide. The authors have successfully sequenced the complete genome of P. brassicae, including the telomeres. This is the first complete genome assembly for any member of the Rhizaria group, to which P. brassicae belongs. The authors annotated the genome, identifying over 10,000 protein-coding genes. This research will be a valuable resource for the plant pathology community as it provides important insights into the evolution, ecology, and pathogenicity of this destructive pathogen. Full study here: Telomere-to-telomere Genome Assembly of the Clubroot Pathogen Plasmodiophora Brassicae  Muhammad Asim Javed, Soham Mukhopadhyay, Eric Normandeau, Anne-Sophie Brochu, Edel Pérez-López Genome Biology and Evolution, Volume 16, Issue 6, June 2024, evae122, https://doi.org/10.1093/gbe/evae122

La investigación sobre la hernia de las Brassicáceas enfrenta una fuerte redundancia de nombres para genes de resistencia (R) que en realidad son los mismos. Hasta ahora, solo tres genes han sido validados de manera sólida: CRa, Crr1a y RPB1. Los autores proponen establecer una nomenclatura estandarizada y una base de datos centralizada para aclarar el panorama genético e identificar con mayor precisión los mecanismos reales de resistencia.

Research on clubroot in Brassicaceae suffers from a proliferation of names assigned to resistance (R) genes that are, in fact, identical. To date, only three genes have been truly validated: CRa, Crr1a, and RPB1. The authors call for a standardized nomenclature system and a centralized database to clarify the genetic landscape and better identify the actual mechanisms underlying resistance.https://doi.org/10.1016/j.tig.2025.07.013

La recherche sur la hernie des Brassicacées souffre d’une redondance de noms pour des gènes de résistance (R) pourtant identiques. À ce jour, seuls trois gènes ont été véritablement validés : CRa, Crr1a et RPB1. Les auteurs recommandent l’adoption d’une nomenclature standardisée et la création d’une base de données centralisée afin de clarifier le paysage génétique et cibler plus efficacement les mécanismes réels de résistance.https://doi.org/10.1016/j.tig.2025.07.013

La investigación sobre la hernia de las Brassicáceas enfrenta una fuerte redundancia de nombres para genes de resistencia (R) que en realidad son los mismos. Hasta ahora, solo tres genes han sido validados de manera sólida: CRa, Crr1a y RPB1. Los autores proponen establecer una nomenclatura estandarizada y una base de datos centralizada para aclarar el panorama genético e identificar con mayor precisión los mecanismos reales de resistencia.⁠https://doi.org/10.1016/j.tig.2025.07.013⁠

AlphaGenome es un modelo de IA que predice efectos de variantes genéticas con alta resolución. Analiza secuencias de ADN de 1 Mb para modelar simultáneamente expresión génica, splicing y accesibilidad. Supera a modelos especializados, facilitando la interpretación de variantes clínicas.https://doi.org/10.1038/s41586-025-10014-0

AlphaGenome is an AI model that predicts the effects of genetic variants with high resolution. It analyzes 1 Mb DNA sequences to simultaneously model gene expression, splicing, and accessibility. It outperforms specialized models, enabling more accurate interpretation of clinical variants.https://doi.org/10.1038/s41586-025-10014-0

AlphaGenome est un modèle d’IA qui prédit les effets des variantes génétiques avec une haute résolution. Il analyse des séquences d’ADN de 1 Mb pour modéliser simultanément l’expression génique, l’épissage et l’accessibilité. Il dépasse les modèles spécialisés et facilite l’interprétation des variantes cliniques.https://doi.org/10.1038/s41586-025-10014-0

Esta fuente académica propone integrar la inteligencia artificial y herramientas moleculares para transformar el manejo de plagas hacia una agricultura resiliente y sostenible. El texto sostiene que los modelos de aprendizaje profundo, como las redes neuronales, permiten identificar insectos con alta precisión, superando la lentitud del monitoreo manual y reduciendo la dependencia de insecticidas químicos. Mediante análisis predictivos y tecnologías de sensores, estas herramientas facilitan intervenciones proactivas que optimizan el uso de recursos y protegen la biodiversidad local. No obstante, los autores advierten que el éxito de estos sistemas depende de la creación de bases de datos diversas y de una colaboración ética que incluya a los pequeños agricultores. En última instancia, el artículo presenta a las tecnologías digitales como un pilar clave para garantizar la seguridad alimentaria global frente al actual deterioro ambiental.https://doi.org/10.1371/journal.pstr.0000216

Cette source académique propose d’intégrer l’intelligence artificielle et des outils moléculaires afin de transformer la gestion des ravageurs vers une agriculture résiliente et durable. Elle soutient que les modèles d’apprentissage profond, tels que les réseaux neuronaux, permettent d’identifier les insectes avec une grande précision, surpassant la lenteur du suivi manuel et réduisant la dépendance aux insecticides chimiques. Grâce aux analyses prédictives et aux technologies de capteurs, ces approches facilitent des interventions proactives qui optimisent l’utilisation des ressources et protègent la biodiversité locale. Toutefois, les auteurs soulignent que le succès de ces systèmes repose sur la constitution de bases de données diversifiées et sur une collaboration éthique incluant les petits producteurs. En définitive, l’article présente les technologies numériques comme un pilier essentiel pour garantir la sécurité alimentaire mondiale face à la dégradation environnementale actuelle.https://doi.org/10.1371/journal.pstr.0000216

This academic source proposes integrating artificial intelligence and molecular tools to transform pest management toward resilient and sustainable agriculture. It argues that deep learning models, such as neural networks, can identify insects with high accuracy, overcoming the slowness of manual monitoring and reducing reliance on chemical insecticides. Through predictive analyses and sensor-based technologies, these approaches enable proactive interventions that optimize resource use and protect local biodiversity. However, the authors emphasize that the success of such systems depends on the development of diverse datasets and ethical collaboration that includes small-scale farmers. Ultimately, the article presents digital technologies as a key pillar for ensuring global food security in the face of ongoing environmental degradation.https://doi.org/10.1371/journal.pstr.0000216

The recent White House memorandum announcing the withdrawal of the United States from international organizations, conventions, and treaties that are deemed contrary to U.S. interests reflects a broader pattern in the national political narrative: systemic challenges are increasingly framed in terms of regulatory and multilateral constraints rather than concentrated private wealth or economic inequality. By explicitly prioritizing ideological alignment with narrow national interests over participation in multilateral institutions, this policy decision underscores how environmental and social governance mechanisms are more frequently cast as sources of economic friction or decline, while the role of concentrated private capital — including that of billionaires and major corporate actors — rarely becomes a focal point of critique in mainstream political discourse. The episode thus amplifies longstanding debates about blame and responsibility in U.S. public policy, illustrating that institutional and regulatory frameworks are often more politically salient targets than economic elites, even as wealth concentration and its political influence grow.https://www.whitehouse.gov/presidential-actions/2026/01/withdrawing-the-united-states-from-international-organizations-conventions-and-treaties-that-are-contrary-to-the-interests-of-the-united-states/

Cette recherche identifie une stratégie nutritionnelle unique utilisée par les bactéries du genre Xanthomonas pour infecter plus de 400 espèces végétales. Les auteurs démontrent que l’effecteur AvrBs2 agit comme une synthétase, convertissant le galactose de l’hôte en une substance appelée xanthosan. Ce composé est ensuite libéré dans l’espace extracellulaire de la plante, où la bactérie le récupère via le transporteur XanT et le dégrade grâce à l’enzyme XanP pour s’en nourrir.Cette découverte a permis de concevoir une approche de lutte « antinutritionnelle » en créant des plantes transgéniques exprimant XanP. Ces plantes dégradent le xanthosan avant que les bactéries ne puissent l’utiliser, offrant ainsi une résistance accrue aux maladies sans compromettre la croissance des cultures.https://www.science.org/doi/10.1126/science.ady8325

Esta investigación identifica una estrategia nutricional única utilizada por bacterias del género Xanthomonas para infectar más de 400 especies vegetales. Los autores demuestran que el efector AvrBs2 actúa como una sintasa que convierte la galactosa del hospedero en una sustancia llamada xantanosano. Este compuesto es liberado al espacio extracelular de la planta, donde la bacteria lo recupera mediante el transportador XanT y lo degrada gracias a la enzima XanP para alimentarse.Este hallazgo permitió diseñar una estrategia de control “antinutricional” mediante la creación de plantas transgénicas que expresan XanP. Estas plantas degradan el xantanosano antes de que las bacterias puedan utilizarlo, proporcionando una mayor resistencia a las enfermedades sin afectar el crecimiento del cultivo.https://www.science.org/doi/10.1126/science.ady8325

This research identifies a unique nutritional strategy used by bacteria of the genus Xanthomonas to infect more than 400 plant species. The authors show that the effector AvrBs2 functions as a synthase, converting host-derived galactose into a compound called xanthosan. This molecule is then released into the plant’s extracellular space, where the bacterium retrieves it via the XanT transporter and breaks it down using the enzyme XanP as a nutrient source.This discovery enabled the development of an “anti-nutritional” disease control strategy by engineering transgenic plants that express XanP. These plants degrade xanthosan before the bacteria can use it, thereby enhancing disease resistance without compromising plant growth.https://www.science.org/doi/10.1126/science.ady8325

This study presents a large-scale hologenomic analysis of microbial diversity across 48 tick species collected throughout China. Using both long- and short-read sequencing on 1,479 samples, the researchers reconstructed 7,783 bacterial genomes of varying quality. This extensive dataset revealed a largely unexplored microbial landscape, identifying numerous previously uncharacterized species with potential pathogenicity.The analysis defined five distinct microbial ecotypes, showing that their composition is strongly shaped by ecogeographic factors and host association. Moreover, the results linked specific tick genetic variants to the abundance of carried pathogens, influencing key biological functions such as hematophagy.Overall, this work provides a crucial resource for studying host–pathogen–microbiome interactions and for developing improved strategies to control tick-borne diseases.https://doi.org/10.1038/s41564-025-02119-z

Este estudio presenta un análisis hologenómico a gran escala de la diversidad microbiana en 48 especies de garrapatas recolectadas en toda China. Mediante secuenciación de lectura larga y corta realizada en 1 479 muestras, los investigadores reconstruyeron 7 783 genomas bacterianos de distintas calidades. Esta base de datos masiva reveló una diversidad microbiana prácticamente inexplorada, identificando numerosas especies potencialmente patógenas que no habían sido caracterizadas previamente.El análisis estableció cinco ecotipos microbianos distintos, demostrando que su composición está fuertemente influenciada por factores ecogeográficos y por la asociación con el huésped. Además, los resultados vincularon variantes genéticas específicas de las garrapatas con la abundancia de patógenos transportados, lo que afecta funciones biológicas clave como la hematofagia.En conjunto, este trabajo proporciona un recurso esencial para estudiar las interacciones entre huésped, patógeno y microbioma, y para diseñar estrategias más efectivas de control de enfermedades transmitidas por garrapatas.https://doi.org/10.1038/s41564-025-02119-z

Cette étude présente une analyse hologénomique à grande échelle de la diversité microbienne chez 48 espèces de tiques collectées à travers la Chine. Grâce à un séquençage à lectures longues et courtes réalisé sur 1 479 échantillons, les chercheurs ont pu reconstituer 7 783 génomes bactériens de diverses qualités. Cette base de données massive a révélé une diversité microbienne largement inexplorée, identifiant de nombreuses espèces potentiellement pathogènes jusque-là non caractérisées.L’analyse a permis d’établir cinq écotypes microbiens distincts, démontrant que leur composition est fortement influencée par les facteurs écogéographiques et l’association avec l’hôte. De plus, les résultats ont lié des variations génétiques spécifiques des tiques à l’abondance des pathogènes transportés, influençant des fonctions biologiques cruciales telles que l’hématophagie.En fin de compte, ce travail fournit une ressource essentielle pour étudier les interactions hôte–pathogène–microbiome et concevoir de nouvelles stratégies de lutte contre les maladies transmises par les tiques.https://doi.org/10.1038/s41564-025-02119-z