Claim OwnershipÉvolution du développement et des génomes - Denis Duboule
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Description
Directeur du laboratoire de Morphogenèse Moléculaire à l'Université de Genève et du laboratoire de Génomique du Développement à l'Ecole Polytechnique fédérale de Lausanne, Denis Duboule et ses équipes travaillent sur les mécanismes de régulations génétiques qui sous‐tendent le développement des mammifères, incluant des interfaces avec la génétique médicale, la biologie de l'évolution et la régulation de la transcription.
60 Episodes
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Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationAlex Stark : Decoding Transcriptional RegulationIntervenant(s)Alex Stark, IMP, Vienna BioCenter, Vienna, Austria
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationJustin Crooker : Exploring the Evolutionary Limits of Transcriptional EnhancersIntervenant(s)Justin Crooker, EMBL, Heidelberg, Germany
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationAna Pombo : Variations in 3D Genome Structure Between Cell Types and in Stimulus ResponsesIntervenant(s)Ana Pombo, Max-Delbrück-Centrum for Molecular Medicine, Berlin, Germany
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationAlexandre Mayran : Cooperative Assignment of Enhancer Activity Underlies Pattern Formation and Cell Fate SpecificationIntervenant(s)Alexandre Mayran, École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) Suisse
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationSusanne Mandrup : Transcriptional Networks and Chromatin Architecture Regulating AdipogenesisIntervenant(s)Susanne Mandrup, Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Southern Denmark
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationRenée Beekman : Translocations Can Drive Expression Changes of Multiple Genes in Regulons Covering Entire Chromosome ArmsIntervenant(s)Renée Beekman, CRG, Single Cell Epigenomics and Cancer Development, Barcelona, Spain
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationDuncan Odom : Enhancers Sequences and Gene Regulation : Mechanisms of Mammalian Genome Control and EvolutionIntervenant(s)Duncan Odom, DKFZ, Division of Regulatory Genomics and Cancer Evolution, Heidelberg, Germany
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationMira T. Kassouf : Using a Model Locus to Understand Enhancer-driven Gene RegulationMira T. KassoufRadcliff Department of Medicine, Medical science division, University of Oxford, UK
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationWendy Bickmore : Role of the 3D Genome in Enhancer Driven Gene RegulationIntervenant(s)Wendy Bickmore, MRC Human Genetics Unit, Institute of Genetics and Cancer, University of Edinburgh, Scotland
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationGuillaume Andrey : Exploring the Cis-Regulatory Controls of Developmental Gene TrajectoriesIntervenant(s)Guillaume Andrey, Department of Genetic Medicine and Development Faculty of Medicine, University of Geneva, Switzerland
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-2025Colloque : Enhancers Sequences and Gene RegulationDenis Duboule : Welcome and IntroductionIntervenant(s)Denis Duboule, Professeur du Collège de France
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-202506 - Régulation des gènes du développement embryonnaire ; séquences « enhancer » : Évolution des séquences de régulationRésuméDifférents mécanismes conduisant au rapprochement des enhancers de leurs gènes cibles. Dépendance et non-dépendance à CTCF. Pathologies induites par des causes impliquant des enhancers (enhanceropathies) et fonction des éléments transposables dans l'évolution des régulations génétiques.Dans cette sixième et dernière leçon, différents mécanismes permettant de rapprocher des séquences régulatrices de leurs gènes cibles sont discutés. Alors que certains de ces mécanismes dépendent de la présence de CTCF, d'autres en sont indépendants.Ensuite, la discussion porte sur les enhanceropathies, i.e., les pathologies dérivant de problèmes liés aux séquences régulatrices et non aux gènes eux-mêmes. Des exemples sont montrés, qui illustrent différentes catégories de telles pathologies, de l'absence pure et simple d'un enhancer à des remaniements complexes du génome qui affectent les contacts entre enhancers et promoteurs. Le cours se termine sur un bref aperçu de l'importance critique des éléments transposables dans l'évolution des régulations.
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-202505 - Régulation des gènes du développement embryonnaire ; séquences « enhancer » : Logique et grammaire des séquences « enhancer »RésuméTypes de paysages de régulations. Analyse des architectures chromatiniennes au niveau de la cellule unique par microscopie à super résolution.Dans cette cinquième leçon, différents types d'organisation topologiques d'enhancers sont décrits, en particulier ceux permettant une expression pleïotropique du gène cible. Comment différents enhancers disposés dans le même domaine chromatinien peuvent être mobilisés dans des combinaisons différentes, avec des spécificités spatio-temporelles distinctes ?Ensuite la question de l'analyse des architectures chromatiniennes au niveau de la cellule unique est posée, puisque les analyses courantes traitent d'un ensemble de cellules et donnent donc une représentation combinée d'un ensemble de possibilités, exclusives les unes des autres pour un allèle donné. Une étude est présentée qui utilise la microscopie à super résolution (STORM) pour établir le nombre de configurations possibles et leurs représentativités au locus du gène Sonic hedgehog (Shh).
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-202504 - Régulation des gènes du développement embryonnaire ; séquences « enhancer » : Éléments transposables et séquences « enhancer » ?RésuméL'origine possible des séquences enhancer au cours de l'évolution sera discutée, ainsi que le recrutement potentiel d'une séquence particulière préexistante pour accomplir une fonction supplémentaire (co-option). L'utilisation d'éléments transposables comme séquences de régulations semble aujourd'hui être une source importante de variations d'expression génique, des variations ayant peut-être accompagné l'émergence de nouveaux traits morphologiques ou physiologiques au cours de l'évolution.
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-202503 - Régulation des gènes du développement embryonnaire ; séquences « enhancer » : Fonctionnement des séquences « enhancer » (suite)RésuméDétection d'enhancers par approches épigénétique et de structure de chromatine, approche multiome, mécanismes de fonction des enhancers pour initier la transcription d'un gène cible.Dans cette troisième leçon, les différentes approches de profilages épigénétiques sont expliquées, ainsi que leurs relations avec les différents états fonctionnels de la chromatine. Les méthodes actuelles impliquant la capture des interactions chromosomiques dans le but d'établir la topologie de la chromatine sont alors décrites.Ensuite, les mécanismes potentiels utilisés pour rapprocher les enhancers de leurs promoteurs cibles sont abordés (modèle du « loop extrusion ») et intégrés dans une présentation globale (simplifiée) des événements conduisant au démarrage de la transcription d'un gène cible par l'agrégation successive de facteurs. La spécificité cellulaire de ce processus se trouve dans les facteurs associés à l'enhancer, donc à sa séquence ADN.
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-202502 - Régulation des gènes du développement embryonnaire ; séquences « enhancer » : Fonctionnement des séquences « enhancer »RésuméApproches (passées et récentes) de détection de telles séquences enhancers. Pièges à enhancers et méthodes de criblage à haut débit. Quelques exemples, en particulier de l'analyse dynamique d'une trajectoire de régulation.Dans cette deuxième leçon, après un bref rappel de quelques définitions, des méthodes sont présentées qui permettent d'identifier des « enhancers » sans introduire de biais particulier au départ. Ces méthodes dérivent toutes de l'approche par « piège à enhancers », dans des versions actualisées par les développements technologiques récents (STARR-seq). Quelques avantages et inconvénients de ces approches sont discutés.Ensuite, les systèmes de détection de l'activité « enhancer » utilisés actuellement chez les mammifères sont décrits, de la production de souris transgéniques par simple injection, à des systèmes d'agrégations de cellules ES qui permettent des analyses plus rapides. L'utilisation de la capacité des cellules ES à être réintroduites dans des embryons, voire même à les former entièrement, est ensuite discutée à l'aide de quelques exemples récents.
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2024-202501 - Régulation des gènes du développement embryonnaire ; séquences « enhancer » : Introduction générale, contexte historiqueRésuméIntroduction et objectifs du cours. Une brève histoire de la découverte des séquences enhancers, importance de ce nouveau concept en relation avec la notion d'équivalence génomique. Approches (passées et récentes) de détection de telles séquences ainsi que quelques tests fonctionnels.Cette année, le cours a comme objectif de traiter des développements les plus récents dans le domaine de la régulation des gènes du développement par l'entremise de séquences « enhancers ». Après une introduction générale sur la raison d'être de ces séquences de régulation et quelques points historiques touchant à la pleïotropie ainsi qu'à la découverte des enhancers eux-mêmes au début des années 1980, cette première leçon présente et discute certaines des façons d'isoler de telles séquences ainsi que les tests fonctionnels qui permettent de leur attribuer le qualificatif de « séquence enhancer ». En particulier, les systèmes de « reporter genes » sont décrits, basés soit sur l'activation du gène LacZ, soit de gènes codant pour des protéines fluorescentes. Les avantages et les inconvénients de ces approches alternatives sont discutés.
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2023-2024Colloque : Fabriquer et cultiver des « embryons » in vitro : un état des lieux, cadres éthique et légalEmmanuelle Rial-Sebbag : Modèles embryonnaires : quelles conditions juridiques pour leur usage en recherche ?Intervenant(s)Emmanuelle Rial-Sebbag, CERPOP, Inserm, Université Paul Sabatier, Toulouse
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2023-2024Colloque : Fabriquer et cultiver des « embryons » in vitro : un état des lieux, cadres éthique et légalJean-François Guérin : Quel statut éthique pour les modèles embryonnaires (embryoïdes) humains ?Intervenant(s)Jean-François Guérin, Conseil d'orientation de l'Agence de la Biomédecine, Lyon
Denis DubouleCollège de FranceÉvolution du développement et des génomesAnnée 2023-2024Colloque : Fabriquer et cultiver des « embryons » in vitro : un état des lieux, cadres éthique et légalNicolas Rivron : Pourquoi diable et comment forme-t-on des modèles d'embryons humains en laboratoire ?Intervenant(s)Nicolas Rivron, IMBA, Vienne Autriche
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