Михаил Гельфанд окончил мехмат в 1985 и сразу стал заниматься биологическими и медицинскими задачами, с 1986 - биоинформатикой. Научные интересы: молекулярная эволюция, сравнительная геномика и системная биология, а конкретнее - эволюция бактериальных геномов, транскриптомика и сплайсинг, эволюция регуляторных систем, структура хроматина, метагеномика.

В 1985-1999 работал в Институте белка РАН (Squirrel Institute of Wounds), 1999-2003 - в ГосНИИГенетике, с 2004 - в ИППИ РАН (в 2006-2020 - зам. директора), с 2016 - в Сколтехе (с 2020 - вице-президент по биомедицинским исследованиям). Попутно был профессором факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ (2003-2020) и факультета компьютерных наук ВШЭ (2016-2020). В обоих до сих пор преподаёт и руководит студентами. Защитил кандидатскую (биофизика - физ.-мат. науки) в 1993 и докторскую (молекулярная биология - биол. науки) в 1998 - потому, что специальности "биоинформатика" тогда не существовало. В 2007 получил премию им. А.А.Баева РАН, в 2010 избран членом Academia Europaea. Со дня основания газеты "Троицкий вариант - Наука" в 2007 - зам. главного редактора. Со-основатель "Диссернета".