Thomas Allgén blev ofrivilligt en av huvudaktörerna i Catrine da Costa-fallet, en av efterkrigstidens största rättsskandaler. Tingsrätten friade Allgén för mord men skrev samtidigt in i domskälen att det var ställt utom allt rimligt tvivel att Allgén och den så kallade obducenten Teet Härm styckat da Costas kropp. De båda läkarna förlorade sina legitimationer och sin möjlighet till försörjning. Thomas Allgéns före detta fru kom att bli ett av processens huvudvittnen. De ord hon lade i munnen på den gemensamma dottern blev efterhand till en berättelse. Barnets berättelse utgjorde slutligen en stor del av bevisningen i fallet. Thomas Allgén har inte träffat sin dotter sedan 1985.