医学遗传前沿

本期节目，我们请到了来自浙江大学医学院附属邵逸夫医院妇产科的王昊教授，跟大家一起聊一聊细胞遗传学的历史与前沿进展，尤其是近期更新的ISCN (An International System for Human Cytogenomic Nomenclature)指南，帮助医学遗传检验相关的同事和老师遵循最新的国际标准进行临床报告和科研文章撰写～专业名词与缩写中英文列表Cytogenomics细胞基因组学研究染色体结构与基因组功能之间关系的学科。G-band (Giemsa banding)G显带利用姬姆萨染色对染色体进行条带分析的方法。R-band (Reverse banding)R显带与G带相反的条带染色方法，常用于观察端粒区域。FISH (Fluorescence in situ Hybridization)荧光原位杂交利用荧光标记探针检测染色体或DNA片段特定位点。Hi-C (Chromosome Conformation Capture with high throughput sequencing)染色质构象捕获测序（Hi-C）用于研究基因组三维空间结构的技术。ISCN (An International System for Human Cytogenomic Nomenclature)人类细胞基因组学国际命名体系国际通用的染色体核型与核型异常描述标准。相关链接《人类染色体异常核型图谱》内容介绍及购买链接：https://mp.weixin.qq.com/s/CocPLluH22FbMCqKjNwl-wISCN 在线课程：https://mp.weixin.qq.com/s/qFOilbxlO0tBVqek_nwo3gISCN 小贴士鼠标垫：#小程序://微店买买/hzXH135qIakRG4A王昊教授微信公众号：昊哥的遗传视界若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

ACMG（American College of Medical Genetics and Genomics，美国医学遗传学与基因组学学会）在2025 年 3 月于洛杉矶举行的年会上发布了全新的序列变异解读指南Sequence Variant Classification (SVC) 4.0 草稿。这与上一次重大更新（SVC3.0， 2015）已经过去了十年之久。本期节目，由我自己对全新的指南内容进行剖析，并分享我对遗传变异评级自动化的个人理解。主要内容：01:22 ACMG 简介02:49 Sequence Variant Classification (SVC)简介09:00 贝叶斯统计学与指南升级17:03 突变解读自动化相关链接：ACMG Documents in Developmenthttps://www.acmg.net/ACMG/Medical-Genetics-Practice-Resources/Documents_in_Development.aspx若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

在上期节目中，我们和杨添博士一起学习了基因编辑技术的背景知识及其在遗传病治疗中的应用。本期节目，我们一起深入学习一下今年基因治疗领域的大事件，2025 年 6 月发表在新英格兰医学杂志的罕见病基因编辑单人单药的应用。在政策和技术的双重创新下，来自美国费城儿童医院的研究团队在 8个月内完成了针对 CPS1 deficiency 新生儿患者的单人单药开发到给药，拯救了患儿的生命。这个与时间赛跑的故事既惊心动魄，又鼓舞人心，希望我们在国内也能一起努力，推动罕见病的单人单药治疗！文献链接：www.nejm.org若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自美国 Life Edit Theraputics Inc.的杨添博士，一起聊一聊在美国 Biotech 的职业发展，CRISPR 基因编辑技术，定向进化技术， 以及遗传病的基因治疗~主要内容02:19 在学术界和工业界中如何选择04:28 美国 Biotech 的生态与职业发展11:16 CRISPR 技术的背景介绍14:03 CRISPR 技术的迭代18:13 Base editing 的定向进化25:35 遗传病的基因治疗案例关键词与相关链接CRISPR背景介绍 ：https://www.youtube.com/watch?v=7ESZTE6rjLIClasscal CRISPR 与迭代新技术Classical CRISPR (CRISPR 1.0): Double-strand break https://ir.editasmedicine.com/news-releases/news-release-details/editas-medicine-announces-strategic-transition-vivo-gene-editing https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2309915 https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-gene-therapies-treat-patients-sickle-cell-disease https://www.biospace.com/business/crisprs-casgevy-on-the-rise-with-more-gene-therapy-proof-of-concept-to-come-in-2025 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2309149Base Editing (CRISPR 2.0)：https://www.youtube.com/watch?v=B1Bv-UmxugMPrime Editing (CRISPR 3.0)：https://www.youtube.com/watch?v=huDgW0wCi9cLarge Insertion, RNA Editing (CRISPR 4.0): Tome：https://www.fiercebiotech.com/biotech/young-gene-editing-biotech-explores-strategic-options-investors-pullback Tune：https://tunetx.com/tune-therapeutics-presents-first-data-supporting-tune-401-a-first-in-class-epigenetic-silencer-for-hepatitis-b/  遗传病的Base editing治疗案例：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa250474710.1038/s41588-025-02172-8若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

正值高考报志愿的季节，本期节目和来自中国医学科学院肿瘤医院头颈外科的孙宇宁大夫一起聊一聊学医前前后后的心路历程和点点滴滴，希望对正在思考志愿的考生和家庭有所帮助~主要内容01:34 直击灵魂的问题：当年为什么学医03:24 如果重新来过会如何选择09:46 缺失的本科教育，是否会有遗憾15:24 基础医学教育，“基础”和“专科”的矛盾20:30 医学生找工作，是否看成绩24:16 医生为什么要做基础科研29:31 做外科大夫需要哪些天赋38:00 i人是否适合做外科大夫41:44 科研需要哪些天赋46:01 展望未来若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和首都医科大学宣武医院的刘芃昊大夫一起聊一聊人工智能技术在神经外科中的应用。主要内容01:00 大语言模型在门急诊中的应用04:23 人工智能在手术技术中的应用06:00 人工智能在科研中的应用10:40 脑机接口的研究/应用现状，及与人工智能的结合若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了上海寻因生物的创始人，微信公众号“基因检测与解读”的主理人，江湖人称“基因游侠”的周在威博士，一起探讨遗传变异解读的坑点与痛点。主要内容05:30 参考基因组选择06:37 假基因的处理08:26 结构变异与拷贝数变异12:43 基因-疾病关联的注释与数据库更新24:10 ACMG guideline 探讨相关链接我们应该用哪个reference genome：https://lh3.github.io/2017/11/13/which-human-reference-genome-to-use全基因组结构变异工具ClinSV：genomemedicine.biomedcentral.com外显子CNV算法：DECoN DOI: 10.1007/978-1-0716-2293-3_6基因-表型关联：https://search.clinicalgenome.org/kb/gene-validity?page=1&size=25&search=Multi nucleotide variant：www.nature.comACMG PM1证据：MCR missense OE doi: 10.1101/2024.04.11.588920若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，跟大家分享一下我上周末于中国科技会堂参加第七届协和母胎医学大会的所见所感~“高新遗传学检测技术的广泛应用给母胎医学的发展带来了机遇和挑战。自2013年起，由北京协和医院联合多家单位连续承办了六届母胎医学大会，大会通过高水平的学术交流、权威的主题演讲、生动活跃的专家专题辩论等活动，梳理了母胎医学在中国的发展思路和道路，指引行业发展方向，促进国内外学术思想和实践的交融和碰撞，为促进我国母胎医学事业的规范发展起到了积极的促进作用。”祝协和母胎医学大会越办越好！若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，跟大家聊一聊我在美国博后期间完成的第一个工作，本周刚刚发表于American Journal of Human Genetics （AJHG）。在此工作中，我们完成了世界首次将RNA-seq转录组测序在临床落地应用于孟德尔遗传病的诊断。主要内容00：26 RNA-seq诊断背景介绍09:55 本工作介绍相关链接我的文章链接：10.1016/j.ajhg.2025.02.006leafcutter：https://doi.org/10.1038/s41588-017-0004-9outrider: 10.1016/j.ajhg.2018.10.025fraser：10.1016/j.ajhg.2023.10.014若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，与温州医科大学周猛教授团队的焉冬雪一起聊一聊她近期发表于Nature Computational Science的工作“Leveraging pharmacovigilance data to predict population-scale toxicity profiles of checkpoint inhibitor immunotherapy”。本工作应用人工智能模型对肿瘤免疫治疗的公共数据进行挖掘，设计非常巧妙。我们共同探讨了本工作的设计、结果及颇为曲折的审稿过程。主要内容02:11 项目设计与构思03:32 什么是免疫检查点抑制剂08:31 公共数据获取与算法选择22:26 应用价值与局限性24:22 审稿流程29:44 公共数据挖掘的设计思路与技巧相关链接Nature Computational Science文章链接：10.1038/s43588-024-00748-8Food and Drug Administration Adverse Event Reporting System (FAERS）数据库：https://www.fda.gov/drugs/fdas-adverse-event-reporting-system-faers/fda-adverse-event-reporting-system-faers-public-dashboard若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

由于领域内的青年教师们年终过于繁忙，本期节目还是由我自己给大家进行2024年的医学遗传年度盘点，分享三个这一年领域内的重要突破~1. 非编码RNA突变导致孟德尔疾病RNU4-2基因: 10.1038/s41586-024-07773-7CHASERR基因: 10.1056/nejmoa24007182. 串联重复变异的东山再起人类串联重复的金标准构建: 10.1038/s41587-024-02225-z人类串联重复数据库TR-gnomAD: 10.1016/j.cell.2024.03.0043. 人类单细胞测序图谱https://www.nature.com/collections/jccbbdahji若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和上海睿璟生物的CTO石涵博士，一起聊一聊人工智能在医学遗传中的应用。我们讨论了AI agent用于ACMG突变解读的自动化；基因组语言模型应用于突变致病性的预测；以及甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用。主要内容03:39 AI agent用于ACMG突变解读07:25 AI agent的成本控制12:20 全新的基于贝叶斯推理模型的ACMG框架16:57 基因组语言模型应用于突变致病性的预测20:30 甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用相关链接ACMG guideline 4.0：https://clinicalgenome.org/tools/clingen-summer-workshop-series-2023/sept-15-2023/基因组语言模型：GPN（基因组预训练网络）：https://hub.baai.ac.cn/view/20211HyenaDNA：https://hazyresearch.stanford.edu/blog/2023-06-29-hyena-dnaEvo genetic foundation model：https://arcinstitute.org/tools/evo脑肿瘤甲基化分子分型模型Sturgeon：10.1038/s41586-023-06615-2若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

朋友们圣诞快乐~今天跟大家分享一下我个人的学术年终总结，以及在学术工作过程中的一些小故事和心得体会，希望和大家一起学习，成长，未来能和朋友们在学术和转化方向多多合作~其中提到的生信、变成入门学习资料：Introduction to statistical learning：https://www.statlearning.com/Introduction to python: https://www.edx.org/learn/python/harvard-university-cs50-s-introduction-to-programming-with-pythonlinux入门：www.ehbio.com若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自清华大学智能产业研究院的贾寅君，一起聊一聊人工智能（AI）如何助力小分子药物筛选，并学习了他最新的工作DrugCLIP，一个微秒级别的小分子药物虚拟筛选工具。应用DrugCLIP，他们完成了首个基因组级别药物虚拟筛选工程，为药物发现从单靶点时代迈向基因组时代奠定了基础。主要内容00:42 寅君弃医从研的心路历程02:42 清华大学智能产业研究院03:40 DrugCLIP工作的缘起05:23 DrugCLIP的主要功能和核心算法16:47 全基因组级别药物筛选18:45 大家如何使用DrugCLIP进行药物筛选24:35 AI+小分子药物筛选的展望相关链接预印本论文：Deep contrastive learning enables genome-wide virtual screening https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.02.610777v2基因组级别虚拟筛选数据库：https://drug-the-whole-genome.yanyanlan.com/若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院人类基因组测序中心的郑欣畅博士，一起聊一聊三代测序在基因组结构变异分析中的重要作用，并介绍他们团队最新的工作STIX：结构变异注释工具。主要内容01:48 郑欣畅博士在中国科学院北京基因组所的一些工作06:29 结构变异研究的重要科学问题：如何准确计算人群频率？09:25 STIX软件的开发13:57 使用long-read数据对STIX进行升级20:14 大家应该如何使用STIX工具注释自己的结构变异相关链接国家生物信息中心数据库概览：https://www.cncb.ac.cn/STIX preprint paper：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615931v1STIX API：https://github.com/zhengxinchang/stix_web_frontend若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了Genetics in Medicine（GIM) open杂志的主编，来自美国贝勒医学院的袁博教授一起聊一聊GIM open杂志创办的缘起，杂志运行的日常，以及对作者的一些建议，欢迎大家多多投稿！同时，我们也交流了袁博教授在贝勒医学院人类基因组测序中心的工作方向以及对于医学遗传学新技术及人工智能应用的愿景~主要内容00:41 GIM open杂志创办的缘起04:15 杂志运行的日常13:40 对作者的一些建议18:25 贝勒医学院人类基因组测序中心25:10 AI+遗传咨询相关链接GIM open杂志: https://www.gimopen.org/American College of Medical Genetics (ACMG): https://www.acmg.net/若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本周跟大家分享一篇新鲜出炉的文献：Fair, B. et al. Global impact of unproductive splicing on human gene expression. Nat. Genet. 1–11 (2024) doi:10.1038/s41588-024-01872-x.来自芝加哥大学的研究团队通过最新的nascent RNA-seq（naRNAseq）技术，定量分析了mRNA剪切这个重要生物学过程的“良品率”到底有多高，mRNA剪切的失误对基因表达有何影响，是否可以作为潜在药物靶点~若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和来自美国爱因斯坦医学院的宫昌林（Charlie）博士，一起聊一聊在美国做内科住院医生的轮转计划，工作安排，以及职业发展轨迹~主要内容00:28 考U和match经验分享04:10 内科住院医师轮转安排06:12 内科住院医师标准的一天生活17:55 work life balance19:05 医生职业发展轨迹23:22 科研对于职业发展的重要性25:29 不同类型医院的职业发展若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

很多生物医药人儿都会考虑毕业之后从学术界跨入业界，但是因为信息不对称感到迷茫。本期节目，和高手咨询的创始人高举先生，跟大家一起聊一聊从学术界向业界转型的方法论和注意事项。主要内容1:00 业界可能的职业选择03:21 如何获取职位信息12:58 应该提前做哪些准备？17:07 从象牙塔迈入职场的适应22:10 职业发展路径25:04 跳槽与工作变动，裁员如果需要与猎头联系，欢迎联系高举先生微信GaoshouWill若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自美国西北大学的赵恒强博士，一起探讨三维基因组的测序方法的由来，对于临床诊断和治疗的潜在应用，以及未来的发展方向。主要内容01:38 什么是三维基因组？04:50 什么是Hi-C技术09:10 如何优化三维基因组分析的运算量10:30 三维基因组的下游分析：染色体疆域；AB compartment；拓扑结构域（TAD）；染色质环（enhancer-promoter相互作用）14:48 三维基因组在医学遗传中的应用18:50 三维基因组在治疗中的应用20:13 能否通过人工智能预测三维基因组结构23:36 恒强实验室的最新研究进展相关术语及文献TAD：拓扑结构域（英语：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称Hi-C技术：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22652625/从epigenetic数据直接预测三维基因组图谱的工具：https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1714980114https://academic.oup.com/bib/article/25/2/bbae096/7630477https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02934-9http://biorxiv.org/cgi/content/short/2024.07.17.603864v1?rss=1若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ