بعد از اینکه متهم، بازداشتی یا زندانی در زندان پذیرش شد، به بخش «تشخیص» فرستاده می‌شود. زندانی به مدت حداقل یک تا ۳ هفته در بخش تشخیص نگهداری می‌شود. در این مدت با انجام معاینات پزشکی و شناسایی بیماری‌های حاد یا واگیردار، شناخت شخصیت و وضعیت جسمی و روانی زندانی، و همین‌طور بررسی علل ارتکاب جرم، برای او «پرونده وضعیت» تشکیل می‌شود.

با تشکیل پرونده وضعیت، مقدمات طبقه‌بندی فراهم می‌شود. طبق ماده ۵۹ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، زندانی در بخش تشخیص، توسط پزشک و روانشناس موسسه معاینه و مصاحبه می‌شود. چنانچه پزشک یا روانشناس تشخیص دهد که برای بررسی تکمیلی و تخصصی لازم است، از فرد آزمایش‌های پزشکی، روانپزشکی و آزمون‌های روانشناسی گرفته می‌شود و وضعیت جسمی و روانی و بررسی او می‌شود و برایش «پرونده سلامت» تشکیل می‌شود.

در این پرونده باید مواردی چون علائم حیاتی، قد، وزن، بیماری فعلی، سوابق بیماری‌های قبلی، داروهای مصرفی، احتمال ابتلا به بیماری‌های مسری، واکسیناسیون، پوست، مو، دهان و دندان، بینایی، شنوایی، و موارد حساسیت، نوع ناتوانی، وضعیت بارداری و سایر شاخص‌های پزشکی و روانکاویِ او بررسی شده و ثبت ‌شود.

به این ترتیب می‌بایست شرایط مناسب برای نگهداری ایمنِ فرد بیمار در زندان، و در صورت لزوم، امکان مراقبت‌های ویژه برای او فراهم ‌شود.