同世界上的其余地区一样，今天南岛语分布范围内的大部分地区——台湾、菲律宾、印度尼西亚和许多太平洋岛屿——原来都为狩猎采集族群所占据，他们没有陶器，没有打磨的石器，没有家畜，也没有作物。在南岛语分布范围内，考古中发现最早的不同文化迹象的地方是——台湾。从公元前第四个一千年左右开始的打磨石器和源于华南大陆更早陶器的有图案装饰的不同陶器风格(所谓大坌坑陶器)，在台湾和对面的华南大陆沿海地区出现。后来在台湾的一些遗址中出土的水稻和粟的残迹提供了关于农业的证据。

台湾大坌坑遗址和华南沿海，不但有大量的石头网坠和适于刳木为舟的扁斧，而且也有大量的鱼骨和软体动物的壳。显然，台湾的这些新石器时代的最早居民已有了水运工具，足以胜任深海捕鱼，并可从事经常性的海上交通，渡过该岛与大陆之间的台湾海峡。因此，台湾海峡可能被用作航海训练场，大陆中国人在这里培养他们的航海技术，以便他们能够在太平洋上进行扩张。

有考古证据表明，在大坌坑文化到达台湾后的1千年左右时间里，明显源自该文化的一些文化从台湾向外传播得越来越远，最后占据了现代南岛语的整个分布范围(图17．2）。这方面的证据包括磨制的石器、陶器、家猪的骨骼和作物的残迹。例如，台湾岛上有花纹的大坌坑陶器为没有花纹的素陶或红陶所代替，这种陶器在菲律宾和印度尼西亚的西里伯斯岛及帝汶岛上的一些遗址也有发现。这种包括陶器、石器和驯化动植物的“整体”文化在公元前3000年左右出现在菲律宾，在公元前2500年左右出现在印度尼西亚的西里伯斯岛、北婆罗洲和帝汶岛，在公元前2000年左右出现在爪哇和苏门答腊，在公元前1600年左右出现在新几内亚地区。