A principios de 1986 sacan a la venta su disco A Kind of Magic, con canciones que serían utilizadas en la película Highlander (Los Inmortales), interpretada por Christopher Lambert y Sean Connery. Ese disco fue un gran éxito, gracias a la canción también titulada "A Kind Of Magic" (número 1 en 35 países), la balada "Who Wants to Live Forever", el tema principal de la película Highlander, "Princes of the Universe", la canción "Friends Will Be Friends" y la rockera "One Vision". Ese mismo año hicieron su última gira, llamada "Magic Tour", donde tocaron dos noches en el Estadio Wembley (Reino Unido) ante unas 72.000 personas cada noche, vendiéndose las entradas en solo seis horas. El concierto fue grabado y en diciembre del mismo año editan 'Live Magic', su segundo disco en vivo, en el que compilan las mejores versiones extraídas de los conciertos de Wembley, Budapest y Knebworth Park. Queen también grabó un concierto en Budapest realizado en el Nepstadion.

Su último concierto fue el 9 de agosto de 1986 en "Knebworth Park" ante 120.000 personas. Las entradas se vendieron en dos horas. El Magic Tour fue visto por más de 1 millón de personas alrededor del mundo, siendo 400 mil en el Reino Unido, todo un record. Fueron también las últimas presentaciones en vivo con Freddie Mercury. Los años siguientes anunciaron que no daban conciertos porque querían un tiempo de relajación. Después de haber realizado la gira, los miembros de la banda, por causas que aún se desconocen, aunque probablemente se deba a la enfermedad que Freddie contrajo en ese período, deciden tomarse un tiempo de descanso y cada uno emprende proyectos en solitario.

Freddie ya había expresado públicamente en el programa español Informe Semanal su deseo de conocer a Montserrat Caballé, una famosa cantante de ópera barcelonesa. Esto llega a oídos de la cantante y la reunión tan ansiada se produce, finalmente, en el hotel Ritz de Barcelona, en marzo de 1987, acompañado por Mike Moran. Al domingo siguiente, Caballé incluyó el tema "Exercises In Free Love" en el bis de su recital en el Covent Garden de Londres. En la audiencia se encontraba Freddie Mercury. Tras ese recital, la diva cenó en la casa de Bulsara, y le pidió que le escribiera una canción sobre su tierra natal. El resultado fue la obra cumbre de estos dos mitos de la música: "Barcelona", tema que fue elegido como himno oficial de los Juegos Olímpicos de Barcelona 1992. Ambos actuaron juntos en dos ocasiones: una en Ibiza, en mayo de 1987, y después otra en Barcelona, donde interpretarón "Barcelona", "How Can I Go On" y "The Golden Boy", el 8 de octubre de 1988. Esa fue la última aparición en vivo de Farrokh Bommi Bulsara, alías Freddie Mercury.