Después que los fans se informaron de la última aparición pública de Mercury durante 1988, comenzaron a extenderse los rumores que Mercury estaba padeciendo sida. Por razones aún no confirmadas, Mercury lo negó abiertamente aquel tiempo, insistiendo que estaba realmente "exhausto" y demasiado ocupado para proporcionar entrevistas. Sin embargo, la banda decidió continuar haciendo álbumes libre de conflictos internos y diferencias, comenzando con The Miracle y siguiendo con Innuendo, el cual fue grabado durante 1990 pero no fue publicado hasta principios de 1991, debido a que la salud de Mercury se constituyó en un factor predominante en el retraso.

A pesar de su salud deteriorándose, Mercury continuó contribuyendo. La banda publicó su segunda compilación de grandes éxitos, Greatest Hits II, en octubre de 1991.

El 23 de noviembre de 1991, en una declaración preparada en su lecho de muerte, Mercury confirmó que tenía sida. A casi 24 horas de la emisión de la declaración, Freddie Mercury falleció de una bronconeumonía, ocasionada por el deterioro físico que le provocó el VIH. Su funeral fue de carácter privado, en concordancia con la fe zoroástrica, religión profesada por su familia.

"Bohemian Rhapsody" fue re-lanzado como sencillo poco después de la muerte de Mercury, con "These Are the Days of Our Lives" como doble lado A. El sencillo logró el número #1 por segunda vez en el Reino Unido. La recaudación inicial del sencillo – aproximadamente £1.000.000 – fueron donados a la fundación Terrence Higgins Trust.

La popularidad de Queen se incrementó nuevamente en Estados Unidos después que "Bohemian Rhapsody" fuera presentado en el filme comedia Wayne's World, ayudando a la canción a alcanzar el número #2 por cinco semanas en las listas estadounidenses en 1992. La canción fue hecha un vídeo musical en Wayne's World, con el cual la banda y representación estuvieron encantados.