Depuis son entrée au CNRS, Christine Musselin, sociologue, étudie les universités. Dans une volonté de comparaison internationale, elle observe les différences entre les universités françaises et allemandes, ce qui l'amène à réfléchir en termes de système d'enseignement supérieur, et à s’intéresser aux relations entre ministères et universités dans les deux pays. Elle constate alors de grandes différences dans leurs modalités de pilotage ministériels.
Le livre référence "La longue marche des universités françaises" a permis de mettre en évidence la spécificité du système universitaire français. Il montre que l’on ne peut comprendre les systèmes universitaires si on ne regarde pas simultanément les relations entre la tutelle publique, la profession universitaire et les universités et les implications qu’elles ont sur le fonctionnement interne de chacun de ces niveaux. Ainsi, par exemple, les universités n’ont pu acquérir de l’autonomie que lorsque le lien entre le ministère et la profession universitaire s’est affaibli.
Christine Musselin s'est particulièrement intéressée à la sociologie des organisations universitaires, à l’analyse des politiques publiques d’enseignement supérieur et, dans une perspective de sociologie économique, aux marchés du travail universitaire et aux trajectoires des universitaires. 

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