Esta carta está escrita en el mismo tono que la primera: ante el desarrollo de falsas enseñanzas dentro de la iglesia, el autor da mayores instrucciones al joven Timoteo en cuanto a lo que él debe enseñar. Le recomienda no avergonzarse de la buena noticia de Jesucristo, sino estar dispuesto a sufrir por anunciarla, «como buen soldado de Jesucristo» (1.6-9; 2.3).

En aquel tiempo había preocupación acerca del fin del mundo. El autor le hace notar a Timoteo que mucha gente se volverá egoísta y desobediente, y no tendrá más interés que el de ganar dinero. Por eso le recomienda no hacer amistad con esa clase de gente (3.1-5).

Aparece también en esta carta un breve himno, o pequeña confesión de fe, que recalca la fidelidad de Cristo:
«Si morimos por Cristo,
también viviremos con él.
Si soportamos los sufrimientos,
compartiremos su reinado.
Si decimos que no lo conocemos,
también él dirá que no nos conoce.
Y aunque no seamos fieles,
Cristo permanece fiel
porque él jamás rompe su promesa.»
(2.11-13)

El autor parece presentir que su muerte está cerca (4.6), por lo que se despide enviando saludos personales a los cristianos de la iglesia, que estaban al cuidado de Timoteo.