آیت‌الله سیستانی وابسته به مکتبِ رضا و توکل در اسلام شیعی است و حکومت روحانیان را حکومتی نامشروع می‌داند. اختلاف او با جمهوری اسلامی اختلاف دو مکتب در جهان شیعی است: مکتب فقهی نجف و مکتب فقهی قم. مکتب نجف تاریخی هزار ساله دارد. اما عمر مکتب قم به صد سال هم نمی‌رسد. این مکتب با آیت‌الله خمینی بیش از پیش سیاسی شد. مکتب نجف را پیش از آیت‌الله سیستانی، آیت‌الله خویی نمایندگی می‌کرد. پیروانِ این مکتب معتقدند که دولت باید از دین جدا باشد و در عین حال به همۀ عقاید دینی احترام بگذارد. آیت‌الله سیستانی در خطبه‌ای که روز جمعه به نام او در نماز جمعۀ کربلا خوانده شد، گفت: هیچ فرد، گروه، جناح و هیچ قدرت منطقه‌ای یا بین‌المللی حق ندارد ارادۀ مردم عراق را مصادره و دیدگاهش را بر آنان تحمیل کند.

جنبش اعتراضی عراقی‌ها که از اول اکتبر امسال در بغداد و چندین شهر بزرگ به ویژه شهرهای شیعه نشینِ آن کشور آغاز شده، تاکنون در حدود ۲۵۰ کشته و چند هزار زخمی به جا گذاشته است. هم‌زمان با اعتراض‌های خیابانی در عراق در لبنان نیز مردم در اعتراض به فساد حاکم بر دستگاه دولتیِ آن کشور تظاهراتِ پی‌گیرِ گسترده‌ای را به راه انداخته‌اند. در هر دو کشور مردم خواهانِ برکناریِ دولت‌های حاکم و دگرگونی‌های اساسیِ اقتصادی و سیاسی‌اند. جمهوری اسلامیِ ایران با برکناریِ نخست‌وزیرهای کنونیِ آن دو کشور مخالف است و حفظ وضع موجود را هم در عراق و هم در لبنان توصیه می‌کند. اما به نظر می‌رسد اوضاع و احوال عراق بیش از وضع لبنان مایۀ نگرانی رهبرانِ جمهوری اسلامی است.

عراق هم‌مرز ایران است. مهم‌ترین زیارتگاه‌هایِ شیعیان در آن کشور قرار دارد. در این میان، شهر کربلا از اهمیتی ویژه برخوردار است. جمهوری اسلامی هرسال با سرمایۀ هَنگفت مالی و نیروی عظیم انسانی و تشکیلاتی راه پیماییِ میلیونیِ اربعین را به سوی آن شهر سازماندهی می‌کند. کربلا برای سیاست خارجی جمهوری اسلامی و ترویج شیعی‌گری در منطقه اهمیتی خاص دارد. در آن شهر از آغاز تظاهرات تاکنون نزدیک به ۲۰ نفر کشته و ۸۵۰ نفر زخمی شده‌اند. روز دوشنبه ۴ اکتبر در حملۀ تظاهرکنندگان به کنسولگریِ ایران در آن شهر ۴ نفر کشته و ۱۹ نفر زخمی شدند. اگر جنبش اعتراضیِ عراقی‌ها به نتیجۀ مطلوب بینجامد، از نفوذ جمهوری اسلامی در آن کشور بسیار کاسته خواهد شد. بسیاری از شیعیانِ آن کشور خواهان پایان دادن به مداخلۀ ایران در امور داخلیِ کشورشان هستند.

یکی از شخصیت‌های مهمی که از همان آغاز از خواست‌هایِ معترضان پشتیبانی کرده، مرجع بانفوذ شیعه، آیت‌الله سیدعلی حسینیِ سیستانی است. او که در شهر نجف سکونت دارد، با محکوم کردن خشونت‌هایِ نیروهای امنیتی و معترضان گفت که دولت عراق در به انجام رساندنِ اصلاحات شکست خورده است. در آخرین بیانیۀ او که متن آن در اول نوامبر منتشر و در نماز جمعۀ کربلا خوانده شد، آیت‌الله سیستانی اصلاحات را به عهدۀ ملت عراق از همۀ طیف‌های آن گذاشت و گفت که هیچ فرد، گروه، جناح و هیچ قدرت منطقه‌ای یا بین‌المللی حق ندارد ارادۀ مردم عراق را مصادره و دیدگاهش را بر آنان تحمیل کند. پیام آیت‌الله سیستانی دو روز پس از سخنان آیت‌الله علی خامنه‌ای دربارۀ رویدادهای عراق و لبنان منتشر شد. رهبر جمهوری اسلامی آمریکا و چند کشور عربی خلیج فارس را به سازماندهی اعتراضاتِ عراق و لبنان متهم کرده است.

آیت‌الله سیستانی، چنان که زندگی‌نامه نویسانش نوشته‌اند، از ساداتِ حسینی‌ است. او در ۱۳ مرداد ۱۳۰۹ در مشهد زاده شد. خاندانِ او در زمان صفویان در اصفهان می‌زیستند. شاه سلطان حسین صفوی جد اعلای او، سید محمد، را به شیخ‌الاسلامی سیستان منصوب کرد و او با خانواده‌اش در سیستان ساکن شد. با درگذشت آیت‌الله خویی در ۱۷ مرداد ۱۳۷۱، گروهی از علمای شیعه مردم را به تقلید از آیت‌الله سیستانی که پرورش یافتۀ مکتب خویی بود، فراخواندند و در پی آن، بسیاری از شیعیان عراق، ایران، هند، پاکستان و کشورهای خلیج فارس او را مرجع تقلید خود قرار دادند. یک سال بعد، با درگذشت آیت‌الله سید عبدالاعلی سبزواری در ۲۵ مرداد ۱۳۷۲ بیشتر مقلدانِ آن آیت‌الله نیز چه در عراق و چه در بیرون از عراق به تقلید از آیت‌الله سیستانی روی آوردند. دامنۀ تقلید از او با درگذشت آیت‌الله سید محمدرضا گلپایگانی در ۱۸ آذر ۱۳۷۲ گسترش یافت و بیشتر مؤمنان شیعه در عراق، ایران، لبنان، استان اِحساء در عربستان سعودی، پاکستان، هند و نیز شیعیان مهاجر در اروپا، استرالیا، آمریکای شمالی و جنوبی به تقلید از او روی آوردند. مقلدانِ آیت‌الله شیخ محمد اراکی و آیت‌الله سید محمد روحانی نیز پس از درگذشت آن دو به مقلدانِ آیت‌الله سیستانی تبدیل شدند. او را اکنون عالی‌ترین مرجع «طایفۀ امامیه» می‌دانند.

در زمانی که صدام حسین بر عراق حکم می‌راند همیشه دنبال بهانه می‌گشت تا حوزۀ علمیۀ نجف را تعطیل کند. او چندین بار علما و طلبه‌های غیرعراقی را از عراق بیرون کرد. آیت‌الله سیستانی نیز چندین بار تا آستانۀ اخراج پیش رفت. بسیاری از طلبه‌ها و شاگردانِ حوزۀ درسی او از عراق بیرون رانده شدند. در روزهای جنگ ایران و عراق، آیت‌الله سیستانی با پافشاری بر ضرورتِ استقلال حوزه از دولت توانست در نجف بماند و تدریس در حوزۀ علمیه را ادامه دهد.

پس از حملۀ آمریکا و متحدانش به عراق در ۲۰۰۳ و اشغال آن کشور، آیت‌الله سیستانی با صدور فتوایی از روحانیت شیعه خواست که در سیاست دخالت کند. سپس فراخوانی برای تشکیل دولت موقت با رأی مردم داد و به انتقاد از پروژۀ آمریکا برای حکومت آیندۀ عراق برخاست. او از سخن گفتن با آمریکایی‌ها خودداری کرد و از نمایندگانش در عراق و خاورمیانه خواست که فتواها و دستورهای او را در میان مردم تبلیغ کنند. در سپتامبر ۲۰۰۶ اعتراف کرد که نمی‌تواند از جنگ داخلی جلوگیری کند. در سپتامبر ۲۰۰۷ از همۀ عراقی‌ها خواست که اختلافات دینی را فراموش کنند و به کشورشان بیندیشند. در ۱۳ ژوئن ۲۰۱۴ سه روز پس از سقوط موصِل برضد دولت اسلامی فتوای جهاد داد و در پی آن هزاران داوطلب به شبه نظامیان شیعی پیوستند. در ۱۵ دسامبر ۲۰۱۷ در خطبه‌ای که در مسجد کربلا به نام او خواندند، آیت‌الله سیستانی خواهان انحلال حَشد‌الشعبی وابسته به سپاه قدس و پیوستن جنگجویان آن به سرویس‌های امنیتی دولت عراق شد.

اما او هم‌چنان وفادار به مکتبِ رضا و توکل در اسلام شیعی باقی ماند و حکومت روحانیان را حکومتی نامشروع دانست. از آنچه از وبسایت رسمی او برمی‌آید، می توان گفت که از نظر او دولت باید از دین جدا باشد و در عین حال به همۀ عقاید دینی احترام بگذارد. اختلاف آیت‌الله سیستانی را با جمهوری اسلامی اختلاف دو مکتب در جهان شیعی می‌دانند: مکتب فقهی نجف و مکتب فقهی قم. مکتب نجف تاریخی هزار ساله دارد. اما عمر مکتب قم به صد سال هم نمی‌رسد. مکتب نجف را پیش از آیت‌الله سیستانی، آیت‌الله خویی نمایندگی می‌کرد. او همیشه از دخالت در سیاست پرهیز داشت. مکتب فقهی قم با آیت‌الله خمینی بیش از پیش سیاسی شد و از دل آن جمهوری اسلامی بیرون آمد.